Missing coverage evidence...
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CACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAT  >  minE/1043797‑1043857                                                             | catgggAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:1564514/58‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGGCCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:370913/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:3096326/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:2885612/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:3291490/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:3329855/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:3434726/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:3439127/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:3555447/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:3574110/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:3608232/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:377337/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:408021/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:588676/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:602817/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:666897/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:672921/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:833311/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:2107998/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:1159561/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:1265639/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:1645929/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:1659445/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:1661952/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:1735077/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:1738487/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:204063/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:2979030/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:2313812/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:2539853/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:2570060/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:2660773/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:2825598/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:2858699/61‑1 (MQ=255) cACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAt  <  1:1081468/61‑1 (MQ=255)                                                             | CACGGGAAGGTTGCAGTTCAGAATCGACCAGTGCCTGCATCAGGTCTGCGCCCTTTTCCAT  >  minE/1043797‑1043857

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑