Missing coverage evidence...
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*	*	÷	minE	1123073	1123126	54	44 [0]	[0] 36	ihfA	integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, alpha subunit

ACGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATT  >  minE/1123011‑1123072                                                              | acGCGCCGTGCTGTACTGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1088300/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:595966/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:2301963/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:2505273/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:2594037/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:295794/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:3042604/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:334328/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:3418327/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:3497041/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:3597180/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:594690/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:2297198/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:596785/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:600425/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:635404/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:707816/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:731719/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:750016/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:87817/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:913619/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:942851/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:2242685/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1048669/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1167817/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:117680/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1193953/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1209355/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1249873/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1308433/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:161113/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1763075/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1814544/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1839353/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1881530/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1973314/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1979648/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:198069/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:2141146/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:2205244/62‑1 (MQ=255) acGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1044431/62‑1 (MQ=255)  cgcgCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:374463/61‑1 (MQ=255)  cgcgCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1162049/61‑1 (MQ=255)            tGTAATTGGAATATCCTCGCCAGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGAtt  <  1:1791277/51‑1 (MQ=255)                                                              | ACGCGCCGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATT  >  minE/1123011‑1123072

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑