Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2390563	2390573	11	7 [0]	[0] 39	rhtC	threonine efflux system

TCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAT  >  minE/2390574‑2390634 |                                                             tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:3254935/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2627472/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2668611/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2686922/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2697262/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2705244/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2706329/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2935108/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:3109978/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:3197036/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2524586/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:3359052/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:3423061/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:408042/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:437831/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:442038/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:616177/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:643748/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:897059/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1928116/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1119524/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1127300/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1217915/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1319184/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1325964/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1354815/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1566317/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:169437/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1870092/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1084720/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:1968898/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2031675/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2174074/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2230663/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2246064/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2334406/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:2481561/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:248408/61‑1 (MQ=255) tCAGTGCACCACGTAGCAGCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAt  <  1:3078810/61‑1 (MQ=255) |                                                             TCAGTGCACCACGTAGCATCTGGTAACCCATCCAGCAGAGATACAGGCCACCGCCCACCAT  >  minE/2390574‑2390634

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑