Missing coverage evidence...
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GTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCA  >  minE/2760234‑2760269 |                                    gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2683083/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:3241732/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:3237707/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:3217990/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:3208306/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:289002/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2824048/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2728121/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2710201/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:3254302/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2676477/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:266822/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2667666/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2634124/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2548311/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2386311/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2367071/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2328791/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:3348693/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:3401960/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:3432390/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:3565942/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:364352/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:476811/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:537168/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:546873/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:5871/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:748151/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:819789/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:838420/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:901693/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:964830/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:985807/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1746637/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1038165/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1055967/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:11418/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:122464/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:124893/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1254008/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1272630/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1277493/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1311385/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:133793/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1356070/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1446659/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1478218/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1565101/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1682858/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:10281/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1759139/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1777797/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1808047/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1818767/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1842244/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1854794/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1903877/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:1912630/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2033225/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2058645/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2081031/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2131748/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2161456/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2202177/36‑1 (MQ=255) gTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCa  <  1:2244490/36‑1 (MQ=255) |                                    GTTCTGGAGGGGCAGGTTTGCCCTGCATGTGGCGCA  >  minE/2760234‑2760269

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑