Missing coverage evidence...
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CATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATT  >  minE/1247368‑1247429 |                                                              cATGCTCGCCTGTGCCGCTGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2344701/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:3400087/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2774209/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2795618/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2813578/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:300531/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:3036872/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:3047045/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:3115808/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:3206658/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2624423/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:3404292/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:367723/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:374872/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:605472/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:623382/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:63693/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:737187/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:997481/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1914551/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1096227/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1178433/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1404685/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1451732/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1593579/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1664399/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1730088/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1839254/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1020641/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:1933921/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2046962/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2110455/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2114791/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2155489/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2254716/62‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTAtt  <  1:2421759/62‑1 (MQ=255) |                                                              CATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATT  >  minE/1247368‑1247429

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑