Missing coverage evidence...
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TGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAC  >  minE/2947369‑2947408                                        | tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:619115/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1018194/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:464626/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:467107/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:500274/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:507410/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:513395/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:525667/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:535107/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:569504/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:593917/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:610779/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:461385/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:628714/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:653218/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:687295/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:706906/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:73832/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:815703/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:833046/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:915099/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:941683/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:97355/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:982465/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1200017/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1039743/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1052627/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:112023/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1150770/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1161097/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1174299/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1174692/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1177213/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:458956/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:131217/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:15770/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:180622/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:201179/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:201792/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:227942/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:243683/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:263696/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:288863/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:33668/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:338616/40‑1 (MQ=255) tGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGAACATGGTGAAAGAc  <  1:727333/40‑1 (MQ=255)  gcgcgcCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1167986/39‑1 (MQ=255)  gcgcgcCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:830794/39‑1 (MQ=255)      gcCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAc  <  1:1102809/35‑1 (MQ=255)                                        | TGCGCGCCAGTTTTTGTTGCCACTGCACATGGTGAAAGAC  >  minE/2947369‑2947408

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑