Missing coverage evidence...
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AGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATAAA  >  minE/2947446‑2947507 |                                                              aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTTTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:9165/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAg                    >  1:504239/1‑44 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGcgccg               >  1:423289/1‑49 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:741014/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:532170/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:541736/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:606793/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:675683/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:681774/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:735778/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:739292/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:991121/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:742131/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:769637/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:779413/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:838/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:862872/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:967206/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:1009414/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:154049/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:1020471/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:1035271/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:1062513/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:1151547/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:1197448/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:122109/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:148807/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:481244/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:175940/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:181055/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:186438/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:228885/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:283798/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:455695/1‑62 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaa   >  1:563069/1‑61 (MQ=255) aGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGACACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATaaa  >  1:1139436/1‑62 (MQ=255) |                                                              AGTTCTTCGGTGGTCACCGGCTCTCTTAGCGCCACGCCCCATAGCGCCGCCAGGCGGATAAA  >  minE/2947446‑2947507

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑