Missing coverage evidence...
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*	*	÷	minE	1287176	1287178	3	28 [0]	[0] 40	shiA	shikimate transporter

TTCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGAC  >  minE/1287179‑1287220 |                                          ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:715059/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:1001872/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:355595/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:427749/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:478183/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:547458/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:563746/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:587178/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:607155/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:617727/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:354309/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:758948/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:790149/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:818829/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:820335/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:833704/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:861110/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:875142/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:87805/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:939231/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:136578/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:1073203/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:1079811/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:1091479/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:1130874/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:1132545/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:1138447/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:1189101/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:131348/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:352807/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:203423/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:239246/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:240327/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:2437/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:260651/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:286548/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:29245/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:341762/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcgac  >  1:345395/1‑42 (MQ=255) ttCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGcga   >  1:76348/1‑41 (MQ=255) |                                          TTCCGTCCGCTCGGCGGTGTCATTTTCGGTCACTTTGGCGAC  >  minE/1287179‑1287220

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑