Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1443347	1443385	39	78 [0]	[0] 34	rcsD	phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC

GCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTC  >  minE/1443306‑1443346                                         | gCGTACGGGAAATTGGGCCTTGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2515543/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAGCTTc  >  1:2491654/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2840387/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2901653/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2818346/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2795532/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2710388/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2617462/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2614426/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2612606/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2547498/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2529145/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2483455/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:247739/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2463463/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2459854/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2459826/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2452275/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2426339/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1020801/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:471714/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:964742/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:945405/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:898724/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:86198/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:747092/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:740063/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:728854/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:617238/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:573967/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2416538/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:386356/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:37119/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:3267652/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:3179155/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:3021903/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:3018078/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2965268/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2915365/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1361391/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1812565/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1784585/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1779216/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1707629/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1686488/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:167763/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1660959/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1575801/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1504733/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1838915/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1336648/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1330784/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1324188/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1207053/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1197970/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1180381/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1091102/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1076848/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2141907/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2408321/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2392545/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2391287/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2361782/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2308072/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2297199/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2288675/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2225026/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:2412003/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:199822/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:197263/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1968595/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1896639/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1895186/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:18882/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1881247/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1874333/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTc  >  1:1846921/1‑41 (MQ=255) gCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGAGTCAACTTc  >  1:936325/1‑41 (MQ=255)                                         | GCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTC  >  minE/1443306‑1443346

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑