Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ minE 1523350 1523365 16 124 [0] [0] 34 flk predicted flagella assembly protein

Only 100 of 124 total aligned reads displayed.

TCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAC  >  minE/1523289‑1523349
                                                            |
tCCAGTCAGCGACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1759273/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACTCAAc  <  1:1356306/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2849246/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:359925/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:338850/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:3261295/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:3258624/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:3035498/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:3026739/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:3012688/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2987946/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2903857/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2896549/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2859856/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:395658/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2793234/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2740831/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2726923/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2701271/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:263782/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2625300/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2624240/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:257490/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2563529/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2521486/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2450064/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:762676/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:955294/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:943774/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:924437/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:917717/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:884473/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:842716/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:84076/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:827874/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:809163/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:802932/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:769056/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2432357/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:713455/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:642760/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:604860/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:585976/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:561672/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:55012/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:492917/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:490255/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:457952/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:455820/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:431114/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1447457/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1778647/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:100607/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1741417/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1713563/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:169594/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1670842/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1611502/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1598995/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:154286/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1524846/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1472584/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:175921/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1446788/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1405419/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1334026/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1253369/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1182464/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1177783/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1167631/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1133960/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1123715/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1111127/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1062427/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1842731/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:242182/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2400376/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2372642/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2352185/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2351051/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2338425/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:224835/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2240013/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2213114/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2203874/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:210623/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:204505/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2042530/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2021621/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:199407/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1958287/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1899214/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1875671/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1789438/61‑1 (MQ=255)
tCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACAGACGCAAc  <  1:1936998/61‑1 (MQ=255)
 ccAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2622665/60‑1 (MQ=255)
 ccAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:420424/60‑1 (MQ=255)
      cAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1607557/55‑1 (MQ=255)
             gTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:1224735/48‑1 (MQ=255)
                         aaaGCTTAATGACGAATGTGACCTCACTGACGCAAc  <  1:2421930/36‑1 (MQ=255)
                                                            |
TCCAGTCAGCAACGTACTTCGCTGGAAAGCTTAATGACGAAAGTGACCTCACTGACGCAAC  >  minE/1523289‑1523349

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: