Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1523350	1523365	16	124 [0]	[0] 34	flk	predicted flagella assembly protein

GTGGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACTT  >  minE/1523366‑1523428 |                                                               gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGCTTCACCGCTGCTTTCGCGTCAc    >  1:486401/1‑61 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTcgcg        >  1:2474708/1‑57 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:329018/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:2477589/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:2730335/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:2765900/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:2780985/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:2879043/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:3153402/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:3206279/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:968971/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:480864/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:49243/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:512319/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:55514/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:760518/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1030150/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:169907/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1087518/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1198559/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1243595/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1484673/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1490610/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1614341/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1646171/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:2241140/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1748273/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1797232/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:1935866/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:2108134/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:2113561/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:2144145/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACt   >  1:2229505/1‑62 (MQ=255) gtgGGCGGGTATCAGGCACGATATT‑GTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACtt  >  1:375266/1‑62 (MQ=255) |                                                               GTGGGCGGGTATCAGGCACGATATTGGTCTGTCGGGAGATTCACCGCTGCTTTCGCGTCACTT  >  minE/1523366‑1523428

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑