Missing coverage evidence...
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GGCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAGG  >  minE/1123299‑1123359 |                                                             ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAgtgt                           >  1:1616883/1‑36 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTa                 >  1:1926871/1‑46 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATc     >  1:1040618/1‑58 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2823938/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2253283/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2298231/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2364427/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2364552/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2464995/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2620323/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2718663/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2102817/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2827621/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2940507/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:3169510/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:3222836/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:364185/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:570985/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:689059/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:90312/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:916791/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1505805/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1174754/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1211054/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1221870/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1295753/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1296586/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1301052/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1404272/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1430568/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:2127849/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1534726/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1675394/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1700727/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1720862/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1869117/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1919330/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1982883/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAgg  >  1:1993598/1‑61 (MQ=255) ggCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTAGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATc     >  1:622583/1‑58 (MQ=255) |                                                             GGCGACGGTAGCGGCAATCTCCTCTTCTTCGAGTGTACGGCTGGTATCTTGCAGGATCAGG  >  minE/1123299‑1123359

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑