Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1980530	1980658	129	46 [0]	[0] 27	yqgF	predicted Holliday junction resolvase

TGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCACC  >  minE/1980469‑1980529                                                             | tGCCTGGTGTGTCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:198210/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:724733/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:560515/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:564789/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:623437/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:635126/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:647578/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:660188/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:662671/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:675876/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:678745/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:707616/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:722034/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:559256/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:725345/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:738883/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:765266/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:788391/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:807976/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:813421/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:815713/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:842525/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:864144/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:923448/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:291593/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:117182/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:130687/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:145731/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:157635/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:16774/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:180946/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:189686/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:191217/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:219964/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:262782/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:1027378/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:342345/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:351888/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:421601/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:428798/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:44322/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:44481/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:446433/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:523520/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:54294/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCAcc  >  1:549270/1‑61 (MQ=255)                                                             | TGCCTGGTGTGGCAGGACACGCCTGATGAGTGGAACCTTACTCGCCTTCGACTTCGGCACC  >  minE/1980469‑1980529

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑