Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2342943	2343175	233	29 [0]	[0] 57	glnL	sensory kinase in two‑component regulatory system with GlnG

CTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAT  >  minE/2342881‑2342942                                                              | cTGAACGCGTGGTAACGGTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:885850/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:619960/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:992829/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:985700/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:945361/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:91491/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:846269/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:829000/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:816879/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:775960/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:73277/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:729251/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:726285/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:724084/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:686131/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:109784/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:598232/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:545143/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:544575/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:512089/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:511058/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:481075/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:438311/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:390810/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:359554/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:343034/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:234945/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:194371/1‑62 (MQ=255) cTGAACGCGTGGAAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAt  >  1:224133/1‑62 (MQ=255)                                                              | CTGAACGCGTGGTAACGCTGGTGTCGATGGAACTGCCGGACAACGTGCGGTTGATTCGTGAT  >  minE/2342881‑2342942

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑