Missing coverage evidence...
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TGCGCCAGGAATTCGCGACGATCGGAGCCGGTCAGCCCTTCGGTACGCGGCAGTTTTGCCGT  >  minE/1244266‑1244327 |                                                              tGCGCCTGGAATTCGCGACGATCGGAGCCGGTCAGCCCTTCGGTACGCGGCAGTTTTGCCGt  <  1:665338/62‑1 (MQ=255) tGCGCCAGTAATTCGCGACGATCGGAGCCGGGCAGCCCTTCGGTACGCGGCAGTTTTGCCGt  <  1:441301/62‑1 (MQ=255) tGCGCCAGGAATTCGCGACGATCGGAGCCGGTCAGCCCTTCgg                     >  1:131605/1‑43 (MQ=255) tGCGCCAGGAATTCGCGACGATCGGAGCCGGTCAGCCCTTCGGTACGCGGCAGTTTTGcc    >  1:35815/1‑60 (MQ=255) tGCGCCAGGAATTCGCGACGATCGGAGCCGGTCAGCCCTTCGGTACGCGGCAGTTTTGcc    >  1:535559/1‑60 (MQ=255) tGCGCCAGGAATTCGCGACGATCGGAGCCGGTCAGCCCTTCGGTACGCGGCAGTTTTGcc    >  1:74830/1‑60 (MQ=255) tGCGCCAGGAATTCGCGACGATCGGAGCCGGTCAGCCCTTCGGTACGCGGCAGTTTTGcc    >  1:729659/1‑60 (MQ=255) tGCGCCAGGAATTCGCGACGATCGGAGCCGGTCAGCCCTTCGGTACGCGGCAGTTTTGcc    >  1:826068/1‑60 (MQ=255) tGCGCCAGGAATTCGCGACGATCGGAGCCGGTCAGCCCTTCGGTACGCGGCAGTTTTGcc    >  1:491793/1‑60 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑