| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 41 (1.070) | 713 (18.600) | 97/98 | NT | 93.8% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 53 (1.380) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 933 total aligned reads displayed.
TGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGTGAT > W3110S.gb/713884‑714024 | tGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa < 1:2451169/71‑1 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:2204844‑M1/1‑69 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:2323724‑M1/1‑69 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:1115349‑M1/1‑69 (MQ=255) tCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcgg > 1:3349078‑M1/1‑68 (MQ=255) tCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcgg > 1:1959728‑M1/1‑68 (MQ=255) aaCACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctg < 1:3377837‑M1/71‑7 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTg > 1:1893439/1‑71 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:869369‑M1/71‑12 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:901024‑M1/71‑12 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:2997281‑M1/71‑12 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaat > 1:2069694‑M1/1‑60 (MQ=255) tcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatta < 1:977272‑M1/71‑13 (MQ=255) tcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaat > 1:3260676‑M1/1‑59 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat < 1:1374502‑M1/71‑15 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:3525118‑M1/71‑16 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:3328482‑M1/71‑16 (MQ=255) cAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatga < 1:787900‑M1/70‑17 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGTCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:2799574‑M1/58‑8 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa < 1:113918/51‑1 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt > 1:3555900‑M1/1‑51 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:43160‑M1/58‑8 (MQ=255) cGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa > 1:2971806‑M1/1‑50 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca < 1:2819049‑M1/70‑22 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca < 1:1317053‑M1/70‑22 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:956798‑M1/1‑49 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaa > 1:1648871‑M1/1‑49 (MQ=255) tGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGc < 1:2271767/71‑1 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:1071410‑M1/71‑28 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:1758489‑M1/71‑28 (MQ=255) aTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGTAACTATCTAAcggctga < 1:457379‑M1/50‑8 (MQ=255) aTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:330376‑M1/50‑8 (MQ=255) tCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacc > 1:1287933‑M1/1‑41 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGATAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:1028128‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaat > 1:2850243‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:1560821‑M1/47‑8 (MQ=255) ccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:730405‑M1/1‑39 (MQ=255) ccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:254195‑M1/70‑32 (MQ=255) cggcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga < 1:1000550‑M1/71‑34 (MQ=255) cggcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga < 1:3194938‑M1/71‑34 (MQ=255) ggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagt < 1:1468832‑M1/71‑38 (MQ=255) ggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgag < 1:1988846‑M1/51‑18 (MQ=255) ggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa > 1:2143028‑M1/1‑34 (MQ=255) gAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa < 1:1171679‑M1/46‑14 (MQ=255) aaTTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatta < 1:1433931‑M1/44‑13 (MQ=255) aaTTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGc < 1:1245571/62‑1 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg < 1:2191235‑M1/71‑41 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa > 1:1400823‑M1/1‑31 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:3685863‑M1/1‑31 (MQ=255) ttgattgaGAATGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:2745438‑M1/61‑32 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgt > 1:3481219‑M1/1‑30 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgt > 1:2485381‑M1/1‑30 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa > 1:3638993‑M1/1‑30 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatta < 1:930118‑M1/42‑13 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATc < 1:22548/71‑1 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:3448415‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:2167751‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt > 1:1516070‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:3171048‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:3044102‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:1724666‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatag > 1:3147503‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatga > 1:1213632‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa > 1:3582318‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGt > 1:1803825/1‑71 (MQ=255) attgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTg < 1:310845/71‑1 (MQ=255) attgaGAAGGTTT‑‑GGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga > 1:1677569‑M1/1‑25 (MQ=255) ttgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaa > 1:56450‑M1/1‑26 (MQ=255) tgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatga > 1:2389969‑M1/1‑25 (MQ=255) gagaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgc > 1:1581003‑M1/1‑24 (MQ=255) gagaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttaca < 1:812419‑M1/70‑47 (MQ=255) gaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:1691043‑M1/64‑43 (MQ=255) gaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:515490‑M1/1‑22 (MQ=255) aaGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgccca < 1:2008999‑M1/71‑51 (MQ=255) aGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccat > 1:644441‑M1/1‑20 (MQ=255) aGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt < 1:758874‑M1/39‑20 (MQ=255) aGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgag > 1:2686976‑M1/1‑20 (MQ=255) ggTTTGCGGAACTATCTAAcgtctgaaattattgaggt < 1:478843‑M1/38‑20 (MQ=255) ttttgCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccc < 1:1614087‑M1/43‑27 (MQ=255) gTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattg < 1:3219114‑M1/71‑54 (MQ=255) gTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcc < 1:2639160‑M1/66‑49 (MQ=255) tttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgagg < 1:1925871‑M1/35‑19 (MQ=255) tttGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAAcc < 1:1836514/71‑1 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgg > 1:689513‑M1/1‑16 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:605192‑M1/43‑28 (MQ=255) ttGCAGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCt > 1:2953060/1‑71 (MQ=255) cGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaa < 1:2500970‑M1/71‑59 (MQ=255) aaCTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacacaaatggatagttcgtt > 1:3712499‑M1/1‑10 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:2348733‑M1/1‑8 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg < 1:1346130‑M1/48‑41 (MQ=255) tATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:1867319‑M1/38‑32 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaa > 1:2567356‑M1/1‑6 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaa < 1:2600381‑M1/70‑66 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaa < 1:403262‑M1/70‑66 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaa < 1:2931472‑M1/70‑66 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaa > 1:3408383‑M1/1‑3 (MQ=255) aaaaCGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAAc > 1:2298268/1‑55 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaattt > 1:2876593‑M1/1‑1 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaattt > 1:3070734‑M1/1‑1 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaa > 1:855079‑M1/1‑1 (MQ=255) | TGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGTGAT > W3110S.gb/713884‑714024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |