| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 274373 | NA (NA) | 34 (0.920) | 15/100 | NT | 100% | intergenic (‑32/‑176) | insH/mmuP | IS5 transposase and trans‑activator/predicted S‑methylmethionine transporter |
| ? | W3110S.gb | 576000 = | 0 (0.000) | pseudogene (109/1128 nt) | nmpC | DLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTTCCCGTACAGATCCAGCTTGTTACTGTCTTTATTATAAATTTCAGCTGCCTGAGCAGACATCGCCATTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTG > W3110S.gb/575932‑576065 | gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:44695‑M2/1‑1 (MQ=255)gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:3558116‑M2/1‑1 (MQ=255)gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:2866068‑M2/1‑1 (MQ=255)gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1488328‑M2/1‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctcccgatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:3333313‑M2/68‑68 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:3283188‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:3016158‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:415137‑M2/2‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:1790329‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:1853059‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:2004755‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:2538213‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:298866‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:3343154‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:238256‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:2130019‑M2/2‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:3516519‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:3435366‑M2/2‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:3596739‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:1644394‑M2/2‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:488392‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:1504737‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:2757874‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:663153‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:680783‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:864913‑M2/2‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:2182814‑M2/68‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:556604‑M2/68‑68 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:717670‑M2/68‑68 (MQ=255) gaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1732569‑M2/4‑1 (MQ=255) gaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1609239‑M2/4‑1 (MQ=255) gaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1449536‑M2/4‑1 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1668452‑M2/4‑1 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGt < 1:3400645‑M2/5‑1 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGt < 1:1083339‑M2/5‑1 (MQ=255) accctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:1021724‑M2/2‑1 (MQ=255) accctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGt < 1:2839910‑M2/5‑1 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTAc > 1:3710663‑M2/63‑69 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTAc > 1:2098301‑M2/63‑69 (MQ=255) cgtgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACt < 1:3280001‑M2/8‑1 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACt < 1:3668847‑M2/8‑1 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACt < 1:2723491‑M2/8‑1 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:1713385‑M2/61‑61 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:408879‑M2/61‑61 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTg > 1:3362737‑M2/61‑69 (MQ=255) atgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:2447771‑M2/61‑61 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGa < 1:2044730‑M2/10‑1 (MQ=255) ctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCa > 1:2031067‑M2/56‑69 (MQ=255) ctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCa > 1:387815‑M2/56‑69 (MQ=255) tatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCa > 1:2459380‑M2/55‑68 (MQ=255) tatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCa > 1:270776‑M2/55‑68 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcatggacttgttcgcaccttcctt > 1:3350520‑M2/51‑52 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:604782‑M2/51‑52 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttattcgcaccttccTTAg < 1:1647622‑M2/4‑1 (MQ=255) ctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTAc > 1:1188433‑M2/50‑68 (MQ=255) gatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGa < 1:3617380‑M2/25‑1 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGaa < 1:1029607‑M2/26‑1 (MQ=255) gacaaacatgttctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTAcag > 1:3364210‑M2/42‑62 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagtgacttgttcgcaccttcct > 1:175370‑M2/42‑42 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:276211‑M2/42‑43 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:1451204‑M2/42‑43 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:1637203‑M2/42‑43 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:864502‑M2/3‑1 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:1664447‑M2/3‑1 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:207739‑M2/3‑1 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:733674‑M2/3‑1 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:1132738‑M2/3‑1 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAAt > 1:413798‑M2/42‑69 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:2184364‑M2/4‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:2225931‑M2/40‑41 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGc > 1:2355862‑M2/40‑52 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGc > 1:2351675‑M2/40‑52 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAACTGATGc > 1:1332353‑M2/40‑52 (MQ=255) aaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGc < 1:1111261‑M2/31‑1 (MQ=255) aaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGc < 1:268214‑M2/31‑1 (MQ=255) aaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGc < 1:3525656‑M2/31‑1 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:3495571‑M2/36‑36 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:2154729‑M2/36‑36 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:570645‑M2/36‑36 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:2453610‑M2/4‑1 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:2468998‑M2/36‑39 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:253239‑M2/4‑1 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1056172‑M2/4‑1 (MQ=255) atctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:369710‑M2/32‑35 (MQ=255) atctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:3443306‑M2/32‑35 (MQ=255) atctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:2107539‑M2/32‑35 (MQ=255) tcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAAtttttt < 1:2170833‑M2/46‑1 (MQ=255) tcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAAtttttt < 1:2737452‑M2/46‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCAt < 1:2512234‑M2/49‑1 (MQ=255) gttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTAcagcag < 1:2922157‑M2/24‑1 (MQ=255) gttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGc > 1:3636420‑M2/14‑44 (MQ=255) gttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGc > 1:2161556‑M2/14‑69 (MQ=255) gttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGc > 1:3454649‑M2/14‑69 (MQ=255) gttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGc > 1:2356727‑M2/14‑69 (MQ=255) tcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGcc < 1:141938‑M2/57‑1 (MQ=255) tcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGcc < 1:2147610‑M2/57‑1 (MQ=255) tcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGcc < 1:2910496‑M2/57‑1 (MQ=255) ttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCtttttt > 1:2146964‑M2/5‑68 (MQ=255) ttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCtttttt > 1:701310‑M2/5‑68 (MQ=255) ttccTTAGTACTGAAGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCtttttt > 1:3157878‑M2/5‑68 (MQ=255) | TTTCCCGTACAGATCCAGCTTGTTACTGTCTTTATTATAAATTTCAGCTGCCTGAGCAGACATCGCCATTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTG > W3110S.gb/575932‑576065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |