| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 34 (0.920) | 18/100 | NT | 85.0% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 6 (0.160) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGC > W3110S.gb/3748742‑3748874 | ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:2988982‑M2/1‑66 (MQ=255) tAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtg < 1:1020647‑M2/69‑5 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga > 1:3136584‑M2/1‑64 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga > 1:1327990‑M2/1‑64 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:3174529‑M2/67‑4 (MQ=255) aaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga > 1:2171787‑M2/1‑63 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg > 1:196406‑M1/52‑69 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGa > 1:2527449‑M1/47‑69 (MQ=255) 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aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAg < 1:913520‑M1/38‑1 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:2693442‑M1/29‑68 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:1371153‑M1/29‑68 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCa > 1:1621372‑M1/29‑69 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCa > 1:761905‑M1/29‑69 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat < 1:2139474‑M2/69‑36 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:3096384‑M1/25‑69 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:2660824‑M1/25‑69 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:3306755‑M1/25‑69 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:2212784‑M2/35‑4 (MQ=255) 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(MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:972171/1‑69 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:956639/1‑69 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg < 1:3689701/69‑1 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:3249797/1‑69 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:2271606/1‑69 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:3537808/1‑69 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:1706682/1‑69 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg < 1:2548024‑M2/48‑46 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg < 1:3605451‑M2/48‑46 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg < 1:2031985‑M2/48‑46 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:2086802‑M2/1‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |