| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 97 (1.520) | 31/128 | 0.2 | 82.9% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 20 (0.310) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
GAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/2412157‑2412225‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATC < W3110S.gb/3748807‑3748740 GAAACATAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTG > 1:603230/1‑71GAAACATAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTG > 1:295694/1‑71GAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTG > 1:1074906/1‑71GAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTG > 1:5934/1‑71 AAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGT < 1:2244254/71‑1 AAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGT < 1:939329/71‑1 AACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGT > 1:3625995/1‑70 AGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATT < 1:540966/71‑1 AGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATT < 1:3241228/71‑1 AGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTAT > 1:837877/1‑70 GGAGCAGCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTA > 1:2976/1‑59 GGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAAT > 1:3081985/1‑71 GGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAAT > 1:79036/1‑71 GGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAA > 1:4348894/1‑70 GAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATT > 1:4687003/1‑71 CCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAAT < 1:2502656/71‑1 CCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAAT < 1:2342075/71‑1 CCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAAT < 1:2977383/71‑1 CCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAAT > 1:316847/1‑71 CCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAAT < 1:2508186/71‑1 CCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAAT < 1:1019351/71‑1 CTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAAT < 1:933668/70‑1 TCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTA > 1:3333415/1‑71 TCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTA > 1:3514051/1‑71 TCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTA > 1:1643446/1‑71 TCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTA > 1:675645/1‑71 TCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATT > 1:1149393/1‑70 CAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTAT > 1:3875131/1‑71 CAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTAT > 1:4363976/1‑71 CAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTAT > 1:562530/1‑71 CAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTAT > 1:717587/1‑71 CAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTAT > 1:25023/1‑71 CAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTAT > 1:319206/1‑71 CAAAAACACAATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTA > 1:3522956/1‑70 AAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTAT < 1:4383192/70‑1 AAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTA < 1:709519/69‑1 AAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATT < 1:2357652/68‑1 AAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATT < 1:1366723/68‑1 AAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATT < 1:1488399/68‑1 AAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTAT < 1:3120261/69‑1 AACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTA < 1:4684875/66‑1 ACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGT > 1:172872/1‑71 ACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTC < 1:2100062/70‑1 TCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCC < 1:1122147/63‑1 ATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTC > 1:2886613/1‑69 ATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCACGTCGGCTC > 1:1504560/1‑69 ATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATACCGTCGGCTC > 1:4439689/1‑69 TACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAA < 1:979903/52‑1 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTT > 1:1675008/1‑71 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTT > 1:1241021/1‑71 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTT > 1:1163140/1‑71 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTT > 1:732201/1‑71 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTT > 1:1115480/1‑71 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTT > 1:977380/1‑71 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTT > 1:1935337/1‑71 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTT > 1:2914740/1‑71 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGT < 1:3666204/70‑1 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCG > 1:3667399/1‑62 CACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCAGTCGGC > 1:746494/1‑64 CTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTT < 1:920821/71‑1 CTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTT < 1:386783/71‑1 CTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTT < 1:338154/71‑1 CTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTT < 1:3254758/71‑1 CTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTT < 1:2158014/71‑1 AAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAA > 1:109124/1‑71 AAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAA > 1:203683/1‑71 AAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAA > 1:1341985/1‑71 AAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCG > 1:4516494/1‑58 AAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAG‑‑‑‑AAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAA > 1:873689/1‑67 AATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAA < 1:1114563/70‑1 TCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACAC < 1:48810/71‑1 TCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACAC < 1:1251561/71‑1 TCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACAC < 1:3648182/71‑1 TCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACAC < 1:2502357/71‑1 AGTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACC < 1:2662855/70‑1 GTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCAT < 1:3900127/71‑1 GTAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTT < 1:1395003/63‑1 TAAGTTGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAAT < 1:3552884/41‑1 TGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTA > 1:180648/1‑58 TGGCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCG > 1:1670162/1‑43 GCAGCATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTT < 1:344624/55‑1 CATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTT < 1:263644/71‑1 CATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTT < 1:1172322/71‑1 ATCACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTA < 1:1801647/71‑1 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATC > 1:2300933/1‑71 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATC > 1:498763/1‑71 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATC > 1:4464362/1‑71 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATC > 1:4337392/1‑71 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATC > 1:1804135/1‑71 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAAT > 1:4477022/1‑70 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAA > 1:1786597/1‑69 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCAT > 1:4419887/1‑55 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACC > 1:4629241/1‑53 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACC > 1:4121793/1‑53 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCT > 1:2260457/1‑39 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCG > 1:1723747/1‑36 ACCTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTC < 1:3407819/35‑1 GAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/2412157‑2412225‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATC < W3110S.gb/3748807‑3748740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |