Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2074633	2074672	40	27 [0]	[0] 15	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

CGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCT  >  W3110S.gb/2074569‑2074632                                                                | cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:2078302/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:892876/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:799295/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:767836/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:711162/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:356170/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:311862/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:271297/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:236802/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:235461/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:2283024/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:2275586/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:2172705/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:2121888/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:1136795/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:2067968/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:2026619/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:1989621/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:185410/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:1787278/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:1682265/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:1558213/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:1527835/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:150425/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:1476416/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:147567/1‑64 (MQ=255) cGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCt  >  1:1167935/1‑64 (MQ=255)                                                                | CGCCGGTGGTACAGCCACGAATGTCACCCTGAAGCAGGGCGGCGCACTGGTTACCAGTACGGCT  >  W3110S.gb/2074569‑2074632

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑