Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2074633	2074672	40	27 [0]	[0] 15	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

TTGTGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAT  >  W3110S.gb/2074673‑2074710 |                                      ttgtGGATGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:951941/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:1170760/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:1173627/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:128300/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:1396273/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:1430547/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:1504092/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:1559686/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:1762624/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:2141460/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:2178845/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:257093/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:696902/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:767751/38‑1 (MQ=255) ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAt  <  1:835501/38‑1 (MQ=255) |                                      TTGTGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAAT  >  W3110S.gb/2074673‑2074710

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑