Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2003208	2003345	138	18 [0]	[0] 31	fliA	RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor

TTTTCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAG  >  W3110S.gb/2003346‑2003410 |                                                                 ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:249534/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:911202/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:888230/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:836837/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:80529/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:803982/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:770698/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:712014/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:705635/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:647723/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:504582/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:422345/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:408135/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:40220/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:392110/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:2515147/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:1022991/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:2459860/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:2385287/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:2305792/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:2170551/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:200728/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:1789310/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:1556169/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:1394479/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:1313522/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:1163738/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:1121179/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTTTCCATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:1803292/65‑1 (MQ=255) ttttCGCGCTCCGGCAACGTCTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:2233174/65‑1 (MQ=255) tttcCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCagtag  <  1:2226064/65‑1 (MQ=255) |                                                                 TTTTCGCGCTCCGGCAACGTTTCGATGGCTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAG  >  W3110S.gb/2003346‑2003410

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑