Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2754376	2754397	22	75 [0]	[0] 89	smpB/intA	trans‑translation protein/integrase

CTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAACC  >  W3110S.gb/2754312‑2754375                                                                | cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAATCTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1077753/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:216145/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:437805/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:423673/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:371140/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:349407/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:318040/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:282085/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:270922/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:266892/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:218876/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:523901/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:206612/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:203160/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1882532/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1874880/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1870523/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1837417/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1014414/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:71668/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:993631/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:915661/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:871414/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:803938/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:790632/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:772340/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:752480/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:747153/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:453640/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:698480/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:690638/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:638417/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:635513/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:612907/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:596543/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:565081/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1785009/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1272063/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1486506/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1764788/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1465427/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1438515/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1344813/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1304122/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1277324/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1274729/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1469133/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1261892/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1234927/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1163008/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1121337/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1097490/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1096066/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1060614/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1535412/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1713321/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1712979/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1712480/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1643713/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1611796/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1581305/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1571163/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1565381/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1561080/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1553430/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1535800/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1498821/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACAAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1304232/64‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAAGCCACAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1641423/64‑1 (MQ=255)  tCGTTATAAGCCGCAAAAAATAGTCGCTAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:314290/63‑1 (MQ=255)  tCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:332233/63‑1 (MQ=255)              tcAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1789611/50‑1 (MQ=255)                 aaaaaTAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:125300/48‑1 (MQ=255)                   aaaTAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1233262/46‑1 (MQ=255)                         tCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAAcc  <  1:1334689/40‑1 (MQ=255)                                                                | CTCGTAAAAAGCCGCAAAAAATAGTCGCAAACGACGAAAACTACGCTTTAGCAGCTTAATAACC  >  W3110S.gb/2754312‑2754375

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑