Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2777253	2777303	51	43 [0]	[0] 24	ypjA	adhesin‑like autotransporter

GCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTG  >  W3110S.gb/2777188‑2777252                                                                 | gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCCTCCCGGTTTCAATGTGCCCGCCCAGCCCGTTg  >  1:947455/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGCCCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1412341/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGCCCGCCCAGCCCGTTg  >  1:557358/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1825040/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1767022/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:239812/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:262125/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:309823/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:418994/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:430474/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:517976/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:52955/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:54626/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:579143/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:592716/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:608588/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:619306/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:734784/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:852331/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:918372/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:96258/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:964554/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1263372/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1028621/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1085901/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1090258/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1090612/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1099634/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1101608/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1125286/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1126349/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:119469/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1262221/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:179532/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1283582/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1399585/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1412357/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1629293/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1646154/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1656996/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1712962/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1758844/1‑65 (MQ=255) gCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTg  >  1:1013319/1‑65 (MQ=255)                                                                 | GCGTCAGGTTCCAGTTACCATCGGTAAATCGCATCCCGGTTTCAATGTGACCGCCCAGCCCGTTG  >  W3110S.gb/2777188‑2777252

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑