Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3517253	3517440	188	27 [0]	[0] 34	[menA]–[rraA]	[menA],[rraA]

CTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGGCA  >  W3110S.gb/3517188‑3517252                                                                 | cTGTCAAGGGAGCGTTAGTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1358442/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTAGTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1489188/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1804130/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:966733/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:942523/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:931021/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:891375/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:789247/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:627009/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:581056/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:409585/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:35793/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:305804/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:281337/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1872944/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1811862/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1072019/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1668382/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:159058/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1528866/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1416962/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1397889/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1311559/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1237351/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1217181/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:120867/65‑1 (MQ=255) cTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGgca  <  1:1102650/65‑1 (MQ=255)                                                                 | CTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAGTGGGCA  >  W3110S.gb/3517188‑3517252

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑