Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3986802	3986851	50	61 [1]	[0] 42	slp/insH	outer membrane lipoprotein/IS5 transposase and trans‑activator

GCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCAG  >  W3110S.gb/3986737‑3986802                                                                 |  gcaaaTTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:2479/4‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:681300/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:200617/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:249307/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:281356/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:421117/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:427207/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:500024/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:506888/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:53213/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:533091/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:60626/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:607266/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:640159/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:670141/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1042186/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:69727/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:711649/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:733865/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:751221/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:767770/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:769142/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:781674/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:853178/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:85929/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:879439/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:912024/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:913428/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:953732/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:981390/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:151844/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:100050/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1061710/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1162109/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1169173/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1184566/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:120693/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1257594/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:126939/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1275372/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1283143/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1308148/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1334684/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1400684/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1497435/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:153366/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1541416/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1547868/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1549690/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1567819/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1575007/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1635630/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1686475/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1709705/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1713317/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1781652/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1798356/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1847374/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCa   >  1:1855288/1‑65 (MQ=255) gCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATATTTTTCATTAGGCa   >  1:1865495/1‑65 (MQ=255)  cGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCAg  >  1:782680/1‑65 (MQ=255)                                                                 |  GCGAATTCTTTTACCAGATGGTATTTCTATTTCCACCCCATAATTTATATCTTTTTCATTAGGCAG  >  W3110S.gb/3986737‑3986802

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑