Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1140881	1141133	253	24 [0]	[0] 22	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

TCTCAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTT  >  W3110S.gb/1140816‑1140880                                                                 | tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:184056/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:986901/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:803000/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:744411/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:628015/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:59672/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:38076/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:328332/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:278203/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:268706/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1849763/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1180012/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1794952/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1681846/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1678894/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1637503/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1605246/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:154859/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1431959/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1308557/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1287823/65‑1 (MQ=255) tctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1275640/65‑1 (MQ=255)  ctcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:644816/64‑1 (MQ=255)   tcAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCttt  <  1:1379439/63‑1 (MQ=255)                                                                 | TCTCAGGATCTGGACCAGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTT  >  W3110S.gb/1140816‑1140880

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑