Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2004882	2005026	145	46 [0]	[1] 73	fliC	flagellar filament structural protein

ATCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCAA  >  W3110S.gb/2004817‑2004881                                                                 | aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:710254/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:347636/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:350256/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:383981/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:420430/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:44854/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:503403/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:52999/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:617553/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:620888/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:643414/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:677542/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1101139/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:74001/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:742855/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:755531/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:757857/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:839022/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:854620/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:856934/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:907033/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:909281/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:970897/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1663441/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1075196/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1172882/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:120703/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1250759/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1291564/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1338585/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:135262/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:140176/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1596410/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1624496/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1723722/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1734507/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1789917/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1834179/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:1849391/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:231969/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:236314/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:255651/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:315988/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:320581/65‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCAGCAGTATTATCaa  <  1:339313/65‑1 (MQ=255)  tCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCaa  <  1:113151/64‑1 (MQ=255)                                                                 | ATCCTGCAGTTTTACTAAGCTAACAGCACCAAGGTTGGCAGTTGCGGAACCTGCAGTATTATCAA  >  W3110S.gb/2004817‑2004881

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑