Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2004882	2005026	145	46 [0]	[1] 73	fliC	flagellar filament structural protein

GTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTG  >  W3110S.gb/2005021‑2005091       |                                                                 gTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAAt          >  1:1355059/1‑63 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCTTAGTAATCATTACCTTTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:512210/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGGTg  <  1:515/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCtt  <  1:73993/65‑2 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:415656/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:576375/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:56654/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:512482/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:475759/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:452035/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:622763/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:385316/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:385147/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:352945/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:32528/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:298781/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:272157/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:261546/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:243928/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:221742/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:774730/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:975908/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:940402/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:937966/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:913466/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:896417/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:842110/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:841412/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:82448/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:584554/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:743823/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:731181/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:72252/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:638483/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:637778/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:623702/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1874469/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1231840/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1416321/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1402699/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1396227/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1380581/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1336202/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1299869/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1260264/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1258394/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:145289/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1229215/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1223852/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1187004/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1178399/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1086658/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1069483/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1060324/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1014660/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1711536/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1005572/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1871726/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1865592/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1855125/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1853105/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1839474/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1796448/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:174447/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:212177/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:170357/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1696271/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:169426/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:157288/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1565766/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1565047/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1526279/65‑1 (MQ=255)       accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTg  <  1:1490724/65‑1 (MQ=255)       |                                                                 GTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTG  >  W3110S.gb/2005021‑2005091

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑