Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4039979	4040028	50	24 [0]	[0] 22	rpoH	RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor

GCGCAAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAG  >  W3110S.gb/4040029‑4040093 |                                                                 gcggaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:184863/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:193069/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:970464/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:939742/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:845838/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:766970/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:748759/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:68552/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:553371/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:541461/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:1011974/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:1834788/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:182426/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:1819686/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:1699135/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:1195279/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:1159682/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:1149936/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGGCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:1737007/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGGCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:724354/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGTGCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:915277/65‑1 (MQ=255) gcgcaAACTGATCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAg  <  1:1217916/65‑1 (MQ=255) |                                                                 GCGCAAACTGTTCTTCAACCTGCGTAAAACCAAGCAGCGTCTGGGCTGGTTTAACCAGGATGAAG  >  W3110S.gb/4040029‑4040093

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑