Missing coverage evidence...
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AATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACAC  >  W3110S.gb/3412846‑3412883                                      | aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:656417/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:338109/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:371944/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:372241/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:408835/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:428151/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:436908/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:459879/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:480627/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:587444/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:587458/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:599877/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:637930/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:639759/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:327113/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:681789/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:708986/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:77180/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:795899/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:807586/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:813221/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:848890/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:853403/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:896320/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:951973/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:972306/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:978839/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1520417/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1067045/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1110745/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:111498/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1207099/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1264415/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1332231/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1383270/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1435086/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1446539/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1458765/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1462723/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1470738/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1511943/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:102655/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:1602555/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:170434/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:194597/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:194669/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:196447/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:217822/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:230733/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:246587/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:254072/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:278338/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:295048/1‑38 (MQ=255) aaTCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGacac  >  1:323875/1‑38 (MQ=255)                                      | AATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACAC  >  W3110S.gb/3412846‑3412883

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑