Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3412884	3414265	1382	54 [0]	[0] 48	[envR]–[acrE]	[envR],[acrE]

TCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTG  >  W3110S.gb/3414266‑3414319 |                                                      tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGGGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1591681/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:580338/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:219399/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:219848/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:223291/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:230448/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:259843/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:267243/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:280660/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:43/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:497800/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:510307/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:579054/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:216187/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:617826/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:659908/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:697213/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:733418/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:735817/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:815271/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:863165/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:878084/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:879406/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:970215/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:989268/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1286253/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1038600/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1041206/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1060820/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1084103/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1091161/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1128951/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1192454/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1198357/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1235848/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1256570/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:126194/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1014282/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1300696/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1347969/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:137634/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1477878/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1483005/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1545697/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:1598111/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:168088/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:169496/54‑1 (MQ=255) tCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTg  <  1:199546/54‑1 (MQ=255) |                                                      TCGGCAAATCGACTGTGACCGAAGGCGCTCTTGTCACTAATGGGCAAACGACTG  >  W3110S.gb/3414266‑3414319

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑