Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3842805	3843189	385	30 [0]	[0] 71	rfaL	O‑antigen ligase

ACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATTATA  >  W3110S.gb/3842736‑3842804                                                                     | aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACATATtata  >  1:1520705/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:386559/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:998957/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:997923/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:991717/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:984708/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:833250/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:795477/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:761702/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:684736/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:590718/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:57927/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:536355/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:465788/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:456159/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:453556/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:1026938/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:219919/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:176552/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:170307/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:160997/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:1606138/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:1422881/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:1383945/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:1343073/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:125895/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:1250949/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:1142987/1‑69 (MQ=255) aCAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGAAGCAACACAAATtata  >  1:1584305/1‑69 (MQ=255) aCAATAAAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATtata  >  1:207051/1‑69 (MQ=255)                                                                     | ACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATTATA  >  W3110S.gb/3842736‑3842804

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑