Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3842805	3843189	385	30 [0]	[0] 71	rfaL	O‑antigen ligase

CTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGA  >  W3110S.gb/3843190‑3843251 |                                                              cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCaagcaagc                            >  1:1072303/1‑36 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:532201/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:69746/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:628892/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:619681/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:591238/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:559985/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:542620/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:538420/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:534188/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:726925/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:502144/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:466376/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:458322/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:437480/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:39866/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:385306/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:370042/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:830835/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:991680/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:987633/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:984914/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:9716/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:95715/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:945055/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:897580/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:855940/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:705268/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:825099/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:816799/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:799784/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:770773/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:738890/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:730878/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:356565/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1097731/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1366992/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1013751/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1307825/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:130292/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:1230535/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1209770/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1154927/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:1122113/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:1348102/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1094278/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1086310/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1070323/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:1064075/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:1062302/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:1053784/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:1027157/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:168727/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:338607/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:314865/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:297378/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:240516/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:226968/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1502932/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:16091/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:159521/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:159393/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:1591303/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  >  1:1572621/1‑62 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaaga  <  1:1520314/62‑1 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaag   >  1:486477/1‑61 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaag   >  1:903621/1‑61 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaag   >  1:130312/1‑61 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaag   >  1:278142/1‑61 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaag   >  1:302565/1‑61 (MQ=255) cTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGgaa    >  1:133353/1‑60 (MQ=255) |                                                              CTTTAAACGCAGAATACCAAATTAAATCAAGCAAGCCTATTAAAAATATAGAAAGGGGAAGA  >  W3110S.gb/3843190‑3843251

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑