| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 205097 = | 57 (1.240) | 62 (1.620) +TTATAACA |
18/80 | NT | 65.6% | intergenic (+8/‑29) | rnhB/dnaE | ribonuclease HII, degrades RNA of DNA‑RNA hybrids/DNA polymerase III alpha subunit |
| ? | W3110S.gb | = 467579 | 21 (0.460) | intergenic (+125/‑28) | cof/ybaO | thiamin pyrimidine pyrophosphate hydrolase/predicted DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
GACATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/205130‑205097‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTAATTTTATTTTA < W3110S.gb/467579‑467564 |||||||| gtCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:638917/53‑1gtCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA < 1:1864096/51‑1gtCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAAC < 1:910089/39‑1gtCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAAC < 1:3035617/39‑1 tCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT > 1:1139677/2‑54 tCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:4412579/53‑1 tCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATT < 1:2983448/48‑1 tCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATT < 1:768462/48‑1 tCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTT < 1:372056/44‑1 tCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAAC < 1:906034/39‑1 CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:2407412/53‑1 CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:451804/53‑1 CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT > 1:2495193/1‑52 CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACAT > 1:2842329/1‑41 CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACAT > 1:3433143/1‑41 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT < 1:3716357/53‑1 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA > 1:453314/1‑50 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTT < 1:4167073/49‑1 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTT < 1:2555340/49‑1 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAAT > 1:1010802/1‑46 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACA < 1:4021555/39‑1 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAA > 1:1959646/1‑37 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTAT < 1:2970186/35‑1 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTc < 1:1400178/54‑2 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:165690/51‑1 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:801502/51‑1 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTT < 1:4013892/48‑1 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTT < 1:1950287/48‑1 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTT < 1:3872996/47‑1 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTT < 1:913038/47‑1 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTT < 1:1931962/47‑1 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTT < 1:32467/42‑1 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATT < 1:1473842/40‑1 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACA < 1:3535664/38‑1 CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTT < 1:1822692/47‑1 CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTT < 1:205863/41‑1 CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAAC < 1:3970311/36‑1 CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAA > 1:4437110/1‑35 CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAA > 1:2050523/1‑35 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATACCATTTTAATTTTATT < 1:3215122/49‑1 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATACCATTTTAATTTTATT < 1:775574/49‑1 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATACCATTTTAATTTTATT < 1:3672319/49‑1 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTc < 1:3711756/52‑2 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTc < 1:1040440/52‑2 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTc > 1:2706352/1‑51 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:3527914/1‑51 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT > 1:4321560/1‑50 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:3579832/49‑1 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT > 1:3758523/1‑48 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA < 1:4597991/42‑1 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTT < 1:1194640/40‑1 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACA < 1:1192202/36‑1 TCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT > 1:847154/1‑47 TCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT > 1:1111654/1‑47 TCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA < 1:3757697/41‑1 CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:4537885/1‑49 CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT < 1:2453203/48‑1 CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTT < 1:3213168/44‑1 CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA < 1:2954369/40‑1 GATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTT < 1:3247870/36‑1 ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:767702/44‑1 ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:4122889/44‑1 ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA < 1:4375365/42‑1 ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAAT < 1:2243887/38‑1 ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA < 1:2501939/37‑1 ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA < 1:4249839/37‑1 ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTA < 1:1503952/36‑1 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT > 1:2181565/1‑42 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAAT > 1:1803159/1‑36 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA > 1:4484796/1‑35 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA > 1:1724270/1‑35 CCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT > 1:458257/1‑41 GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT < 1:2939916/39‑1 GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT < 1:1965840/37‑1 GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT < 1:3223990/37‑1 TTTACTTAATCTCTACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:4293196/37‑1 TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:2857267/1‑39 TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:4455919/37‑1 TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA > 1:2767104/1‑35 TTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT > 1:3899952/1‑36 ACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:470614/1‑36 TTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTc < 1:714675/35‑2 |||||||| GACATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/205130‑205097‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTAATTTTATTTTA < W3110S.gb/467579‑467564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |