| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 205097 = | 57 (1.240) | 62 (1.620) +TTATAACA |
18/80 | NT | 65.6% | intergenic (+8/‑29) | rnhB/dnaE | ribonuclease HII, degrades RNA of DNA‑RNA hybrids/DNA polymerase III alpha subunit |
| ? | W3110S.gb | = 467579 | 21 (0.460) | intergenic (+125/‑28) | cof/ybaO | thiamin pyrimidine pyrophosphate hydrolase/predicted DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
ATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAGCTGCTGGCCT > W3110S.gb/467510‑467640 | aTTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaaaa < 1:2481356/70‑1 (MQ=255)aTTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaaaa < 1:51930/70‑1 (MQ=255) ttGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAagag > 1:2212648/1‑70 (MQ=255) tggtgTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAgaga < 1:2377616/63‑1 (MQ=255) tggtgTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAAtt < 1:268390/71‑1 (MQ=255) gtTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTctct > 1:4637811/1‑71 (MQ=255) tttAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAgaga < 1:2980306/58‑1 (MQ=255) tttAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCtg > 1:2025544/1‑71 (MQ=255) tttAAACCGCACAGAATAAAATGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGaaaaa < 1:4395177/62‑1 (MQ=255) aaCCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTgg < 1:1097974/70‑1 (MQ=255) aaCCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTgg < 1:2995631/70‑1 (MQ=255) gCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAggg < 1:4633751/71‑1 (MQ=255) caGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGaaaaaa < 1:1281739/52‑1 (MQ=255) aaaTTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGt > 1:3939863/1‑68 (MQ=255) tGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATa > 1:4360967/1‑70 (MQ=255) gTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATg > 1:4365278/1‑59 (MQ=255) tGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTg < 1:2309851/71‑1 (MQ=255) ttCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTctct < 1:2710050/40‑1 (MQ=255) tCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGAcc > 1:3754530/1‑69 (MQ=255) aCCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTa < 1:703555/70‑1 (MQ=255) aCCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTa < 1:2883844/70‑1 (MQ=255) tttAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGa < 1:3676036/62‑1 (MQ=255) taaaataaaaTTAAAAGAGAAAAAAATTCTCtgtg > 1:4145988/1‑35 (MQ=255) taaaataaaaTTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATaaaa > 1:3489741/1‑56 (MQ=255) gaaaataaaattAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaaga < 1:1400178‑M2/53‑39 (MQ=255) gaaaataaaattAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa < 1:1040440‑M2/51‑37 (MQ=255) gaaaataaaattAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa > 1:2706352‑M2/2‑16 (MQ=255) gaaaataaaattAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa < 1:3711756‑M2/51‑37 (MQ=255) gaaaataaaattAAAAtgttataagtcgagattaa < 1:714675‑M2/34‑20 (MQ=255) aaaataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa > 1:3527914‑M2/1‑15 (MQ=255) aaaataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctg > 1:4537885‑M2/1‑15 (MQ=255) aaaataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaa > 1:2857267‑M2/1‑15 (MQ=255) aaaataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagt > 1:470614‑M2/1‑15 (MQ=255) aaataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagat < 1:3716357‑M2/53‑40 (MQ=255) aaataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa > 1:4321560‑M2/1‑14 (MQ=255) aaataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctg < 1:2453203‑M2/48‑35 (MQ=255) aaataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaac < 1:2939916‑M2/39‑26 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatgac < 1:638917‑M2/55‑43 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatga < 1:4412579‑M2/54‑42 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatga > 1:1139677‑M2/1‑13 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatg < 1:2407412‑M2/53‑41 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatg < 1:451804‑M2/53‑41 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaaga < 1:801502‑M2/51‑39 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaaga < 1:165690‑M2/51‑39 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa < 1:3579832‑M2/49‑37 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaat < 1:4122889‑M2/44‑32 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaat < 1:767702‑M2/44‑32 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccgga > 1:2181565‑M2/1‑13 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccgg > 1:458257‑M2/1‑13 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaa < 1:4455919‑M2/37‑25 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaa > 1:3899952‑M2/1‑13 (MQ=255) aataaaatTAAAAtgttataagtagagattaagtaaa < 1:4293196‑M2/37‑25 (MQ=255) aataaaatTAAAAtggtataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa < 1:3215122‑M2/49‑37 (MQ=255) aataaaatTAAAAtggtataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa < 1:775574‑M2/49‑37 (MQ=255) aataaaatTAAAAtggtataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa < 1:3672319‑M2/49‑37 (MQ=255) ataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatg > 1:2495193‑M2/1‑12 (MQ=255) ataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa > 1:3758523‑M2/1‑12 (MQ=255) ataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctga > 1:847154‑M2/1‑12 (MQ=255) ataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctga > 1:1111654‑M2/1‑12 (MQ=255) ataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaac < 1:1965840‑M2/37‑26 (MQ=255) ataaaatTAAAAtgttataagtcgagattaagtaaac < 1:3223990‑M2/37‑26 (MQ=255) taaaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatgac < 1:1864096‑M2/53‑43 (MQ=255) taaaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagat > 1:453314‑M2/1‑11 (MQ=255) taaaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaat < 1:4375365‑M2/42‑32 (MQ=255) taaaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaa > 1:2767104‑M2/1‑11 (MQ=255) aaaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagat < 1:2555340‑M2/49‑40 (MQ=255) aaaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagat < 1:4167073‑M2/49‑40 (MQ=255) aaaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaaga < 1:4013892‑M2/48‑39 (MQ=255) aaaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaaga < 1:1950287‑M2/48‑39 (MQ=255) aaaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaag < 1:1822692‑M2/47‑38 (MQ=255) aaaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctg < 1:3213168‑M2/44‑35 (MQ=255) aaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaaga < 1:913038‑M2/47‑39 (MQ=255) aaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaaga < 1:3872996‑M2/47‑39 (MQ=255) aaattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaaga < 1:1931962‑M2/47‑39 (MQ=255) aaatTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAGCTGCTGGCCt > 1:2222274/1‑70 (MQ=255) aattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatga < 1:768462‑M2/49‑42 (MQ=255) aattaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatga < 1:2983448‑M2/49‑42 (MQ=255) attaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagat > 1:1010802‑M2/1‑7 (MQ=255) attaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaat < 1:2243887‑M2/38‑32 (MQ=255) attaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccgga > 1:1803159‑M2/1‑7 (MQ=255) ttaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa < 1:4597991‑M2/42‑37 (MQ=255) ttaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctga < 1:3757697‑M2/41‑36 (MQ=255) ttaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctg < 1:2954369‑M2/40‑35 (MQ=255) ttaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaat < 1:4249839‑M2/37‑32 (MQ=255) ttaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaat < 1:2501939‑M2/37‑32 (MQ=255) ttaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccgga > 1:4484796‑M2/1‑6 (MQ=255) ttaaaatgttataagtcgagattaagtaaaccgga > 1:1724270‑M2/1‑6 (MQ=255) ttAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGa > 1:4544520/1‑50 (MQ=255) taaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaat < 1:1503952‑M2/36‑32 (MQ=255) aaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatga < 1:372056‑M2/45‑42 (MQ=255) aaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaaga < 1:32467‑M2/42‑39 (MQ=255) aaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaag < 1:205863‑M2/41‑38 (MQ=255) aaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaa < 1:1194640‑M2/40‑37 (MQ=255) aaaatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatc < 1:3247870‑M2/36‑33 (MQ=255) aaaaGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAGctgctg > 1:634388/1‑61 (MQ=255) aatgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaaga < 1:1473842‑M2/40‑39 (MQ=255) atgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatg > 1:3433143‑M2/1‑1 (MQ=255) atgttataagtcgagattaagtaaaccggaatctgaagatg > 1:2842329‑M2/1‑1 (MQ=255) agagAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGa < 1:3109238/45‑1 (MQ=255) | ATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAGCTGCTGGCCT > W3110S.gb/467510‑467640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |