| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 713380 = | 9 (0.260) | 503 (15.440) | 45/100 | NT | 95.0% | intergenic (‑156/‑29) | ybfF/seqA | conserved hypothetical protein/regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | = 4125340 | 45 (1.380) | coding (836/837 nt) | dam | DNA adenine methylase | |||||
Only 100 of 718 total aligned reads displayed.
GCACACGTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGATTGCCCCCTCAATTCTGTCGGCTGATTTTGCCCG > W3110S.gb/4125271‑4125408 | cacaCGTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAat > 1:1582054‑M2/1‑69 (MQ=255) cGTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAACCCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcag < 1:2185202‑M2/71‑7 (MQ=255) cGTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcag < 1:877137‑M2/71‑7 (MQ=255) cGTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcag < 1:524548‑M2/71‑7 (MQ=255) cGTAAAAAGGGGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAATtctc < 1:742726/71‑1 (MQ=255) gTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagc < 1:374932‑M2/71‑8 (MQ=255) tAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCCGCGAAAAAATAattcagc < 1:3333282‑M2/71‑8 (MQ=255) aaaaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagct < 1:2580609‑M2/69‑9 (MQ=255) aaaaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagct < 1:2423645‑M2/69‑9 (MQ=255) aaaaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagct < 1:1220444‑M2/69‑9 (MQ=255) aaaaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagct < 1:609350‑M2/69‑9 (MQ=255) aaaaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagct < 1:1533101‑M2/69‑9 (MQ=255) aaaaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAATTCTCAAg > 1:2088301/1‑70 (MQ=255) aaaaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAATTCTCAAg > 1:692676/1‑70 (MQ=255) aaaaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTAAAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagct < 1:1000663‑M2/69‑9 (MQ=255) aaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagttaaga > 1:1458137‑M2/1‑59 (MQ=255) aaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaaga < 1:2329457‑M2/71‑13 (MQ=255) aaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaaga > 1:1789332‑M2/1‑59 (MQ=255) aaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaaga < 1:1731033‑M2/71‑13 (MQ=255) aaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaaga > 1:1050346‑M2/1‑59 (MQ=255) aGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagac > 1:3058683‑M2/1‑58 (MQ=255) aGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaaga > 1:1477936‑M2/1‑58 (MQ=255) aGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAATTCTCAAGga > 1:2401819/1‑69 (MQ=255) ggTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGTAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagaca > 1:2447981‑M2/1‑57 (MQ=255) ggTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagaca > 1:3041483‑M2/1‑57 (MQ=255) ggTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagaca > 1:1765861‑M2/1‑57 (MQ=255) ggTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagaca > 1:1869914‑M2/1‑57 (MQ=255) gTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacac < 1:3175253‑M2/71‑16 (MQ=255) gTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacac < 1:2846955‑M2/71‑16 (MQ=255) gTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagaca < 1:1501511‑M2/70‑15 (MQ=255) gTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagaca < 1:3270550‑M2/70‑15 (MQ=255) gACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgc > 1:2767930‑M2/1‑53 (MQ=255) gACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgc > 1:344482‑M2/1‑53 (MQ=255) gACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgc > 1:1707102‑M2/1‑53 (MQ=255) gACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactg > 1:665011‑M2/1‑53 (MQ=255) gACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactg > 1:2907690‑M2/1‑53 (MQ=255) gACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactg > 1:1156727‑M2/1‑53 (MQ=255) gACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaaga < 1:1191741‑M2/65‑13 (MQ=255) gACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaaga < 1:2209747‑M2/65‑13 (MQ=255) gACGAACTGATGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgc > 1:1080445‑M2/1‑53 (MQ=255) aCGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactg > 1:3115980‑M2/1‑52 (MQ=255) gAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcact < 1:135824‑M2/71‑22 (MQ=255) gAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacac < 1:806317‑M2/65‑16 (MQ=255) ctgctgGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactgga < 1:2721734‑M2/71‑25 (MQ=255) ctgctgGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactgga < 1:2493728‑M2/71‑25 (MQ=255) gctgGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagaca < 1:2479898‑M2/59‑15 (MQ=255) gctgGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAATTCACAAGGAGAAGCGGATGaaa > 1:2881551/1‑69 (MQ=255) ggCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggat < 1:1249434‑M2/67‑26 (MQ=255) gCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaag > 1:2960906‑M2/1‑41 (MQ=255) gCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattc > 1:1305087‑M2/1‑41 (MQ=255) tGTACAAACCAGGAGTCGTTTCCCCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatga < 1:2931672‑M2/70‑34 (MQ=255) gTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaa < 1:776354‑M2/70‑35 (MQ=255) gTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaa > 1:2301283‑M2/1‑36 (MQ=255) cAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaac < 1:2798208‑M2/70‑38 (MQ=255) aaaCCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacga > 1:1328889‑M2/1‑32 (MQ=255) aaCCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaaga > 1:2694912‑M2/1‑31 (MQ=255) aaCCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaaga > 1:2269439‑M2/1‑31 (MQ=255) aaCCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAATTCTCAAGgaga < 1:3088909/44‑1 (MQ=255) cAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattga > 1:2137278‑M2/1‑28 (MQ=255) gAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagt < 1:552333‑M2/71‑47 (MQ=255) gAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTg < 1:3236987/58‑1 (MQ=255) aGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagtt > 1:96534‑M2/1‑24 (MQ=255) aGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagtt > 1:718388‑M2/1‑24 (MQ=255) aGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagtt > 1:2661675‑M2/1‑24 (MQ=255) aGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagtt > 1:1418564‑M2/1‑24 (MQ=255) gTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagtt < 1:1114281‑M2/70‑48 (MQ=255) tCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttga < 1:1036149‑M2/71‑50 (MQ=255) tCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttga < 1:2070209‑M2/71‑50 (MQ=255) tCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttga < 1:2522540‑M2/71‑50 (MQ=255) tCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttga < 1:2537024‑M2/71‑50 (MQ=255) tCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttga < 1:2643803‑M2/71‑50 (MQ=255) tCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagtt > 1:1603684‑M2/1‑22 (MQ=255) tCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagtt > 1:583594‑M2/1‑22 (MQ=255) gTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat < 1:1271757‑M2/70‑51 (MQ=255) gTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat > 1:1973477‑M2/1‑20 (MQ=255) gTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat > 1:1950028‑M2/1‑20 (MQ=255) gTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat > 1:1540951‑M2/1‑20 (MQ=255) gTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat < 1:42550‑M2/70‑51 (MQ=255) gTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat < 1:460827‑M2/70‑51 (MQ=255) gTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat > 1:935896‑M2/1‑20 (MQ=255) gTTTCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat > 1:1388711‑M2/1‑20 (MQ=255) tttCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaac > 1:1680979‑M2/1‑19 (MQ=255) tCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgat < 1:909480‑M2/70‑54 (MQ=255) tCACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgat < 1:2591373‑M2/70‑54 (MQ=255) cACCC‑GCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatg > 1:3196063‑M2/1‑16 (MQ=255) c‑gcgAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactc < 1:2113103‑M2/71‑60 (MQ=255) c‑gcgAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTg < 1:652692/45‑1 (MQ=255) c‑gcgAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGATTGCCCCCTCAATTCTGTCGGCTGa < 1:491567/71‑1 (MQ=255) cgAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagacgaaaacgattgaagttgatgatgaactcta > 1:1914597‑M2/1‑10 (MQ=255) aaaaaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactcta < 1:1828859‑M2/69‑62 (MQ=255) aaaaaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactcta < 1:2991131‑M2/69‑62 (MQ=255) aaaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacagc < 1:202522‑M2/71‑66 (MQ=255) aaaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaa < 1:2251949‑M2/62‑57 (MQ=255) aaaaTAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGAt > 1:1664274/1‑41 (MQ=255) aaaaTAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGAt > 1:282466/1‑41 (MQ=255) aaaTAattcagataagacacagcactggattaagatgaaaacgattgaat < 1:828546‑M2/50‑46 (MQ=255) aataattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacagcta > 1:1569254‑M2/1‑4 (MQ=255) ataattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacagctat > 1:2615761‑M2/1‑3 (MQ=255) ataattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacagctat > 1:2380419‑M2/1‑3 (MQ=255) taattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatga < 1:2153130‑M2/54‑53 (MQ=255) | GCACACGTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCC‑GCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGATTGCCCCCTCAATTCTGTCGGCTGATTTTGCCCG > W3110S.gb/4125271‑4125408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |