New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	W3110S.gb	205097 =	33 (0.790)	41 (1.170) +TTATAACA	10/84	NT	64.9%	intergenic (+8/‑29)	rnhB/dnaE	ribonuclease HII, degrades RNA of DNA‑RNA hybrids/DNA polymerase III alpha subunit
	?	W3110S.gb	= 467579	20 (0.480)					intergenic (+125/‑28)	cof/ybaO	thiamin pyrimidine pyrophosphate hydrolase/predicted DNA‑binding transcriptional regulator

GACATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  W3110S.gb/205130‑205097 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTAATTTTATTTTAA  <  W3110S.gb/467579‑467563                                   ||||||||                  gtCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:305456/53‑1   CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTct  >  1:3502529/1‑55   CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTct  >  1:3648923/1‑55   CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACATATAACATTTT               >  1:621087/1‑44    ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT    >  1:832796/1‑54    ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:2023738/52‑1    ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:1855681/52‑1    ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTAGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT    >  1:1021162/1‑54     TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT       <  1:2907512/50‑1     TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT       <  1:2951727/50‑1     TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTT          <  1:3915495/47‑1       TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT    >  1:4027146/1‑51       TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT    >  1:165369/1‑51       TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT     <  1:3222399/50‑1       TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAAT            >  1:672460/1‑43       TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTT               <  1:2597597/40‑1       TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACA                   >  1:411363/1‑36       TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACA                   >  1:3143582/1‑36         CAGATTCCGGTTTACTTAATCTTGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTct  >  1:3531083/1‑49         CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTct  >  1:3051195/1‑49         CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTc   >  1:1536823/1‑49         CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTc   >  1:131127/1‑49         CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTc   >  1:2590023/1‑49         CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT    >  1:1123161/1‑49           GATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:3092252/45‑1           GATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:1200577/45‑1           GATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:177783/45‑1           GATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:1936065/45‑1            ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:902470/44‑1             TTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:3709222/43‑1             TTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:625683/43‑1              TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT     >  1:2180657/1‑43              TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      >  1:670802/1‑42              TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT       >  1:3574378/1‑41               CCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT       >  1:2397748/1‑40               CCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT       >  1:192488/1‑40               CCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT       >  1:2697317/1‑40               CCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT       >  1:889428/1‑40                CGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTc   <  1:4002207/43‑2                  GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTct  <  1:1840791/42‑3                  GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTct  <  1:1657125/42‑3                   TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:692808/37‑1                   TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT       >  1:2762513/1‑36                   TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT       >  1:2927099/1‑36                     TACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT      <  1:1622996/35‑1                                   ||||||||                  GACATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  W3110S.gb/205130‑205097 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTAATTTTATTTTAA  <  W3110S.gb/467579‑467563

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.