| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 1 (0.020) | 32 (0.810) | 17/94 | NT | 97.1% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
GCGACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018642‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > W3110S.gb/2519723‑2519791 GCGACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCC > 1:3516055/1‑71 ACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCA > 1:2668807/1‑70 CGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCT < 1:1988989/71‑1 ATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAA < 1:1229101/71‑1 CTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCA > 1:248758/1‑51 TTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGG < 1:1068034/67‑1 TCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC > 1:2586984/1‑48 TCATCGGCGGAGACTTTACAGACGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC > 1:2145043/1‑48 CATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTG > 1:257986/1‑71 ATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:1199403/71‑1 ATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:2333749/71‑1 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT > 1:2670033/1‑71 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT > 1:1433557/1‑71 GCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:1084707/70‑1 GGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCAATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAC > 1:1165833/1‑71 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA > 1:1563615/1‑71 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAG > 1:1835629/1‑51 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATA > 1:2980600/1‑71 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATA > 1:767801/1‑71 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAA > 1:2124914/1‑43 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAA > 1:37736/1‑43 CGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT < 1:1151711/71‑1 CGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT < 1:2454226/71‑1 CAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAC < 1:58133/71‑1 GATTGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:1693069/45‑1 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTG < 1:313616/71‑1 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTG < 1:1515960/71‑1 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:407840/45‑1 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:138908/45‑1 ATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:826631/44‑1 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCC < 1:1553821/71‑1 GAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGA > 1:1621014/1‑71 GAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGA > 1:1666623/1‑71 GAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGA > 1:1463867/1‑71 GGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG < 1:2924271/71‑1 GGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG < 1:1667531/71‑1 TGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT > 1:416139/1‑71 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACT > 1:1923137/1‑71 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACT > 1:758692/1‑71 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG < 1:112903/64‑1 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG < 1:3818004/64‑1 CGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCT > 1:1037790/1‑71 caCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:2352009/3‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:965311/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:2859834/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:2308695/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:450132/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:404803/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:4035565/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:2408128/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:3506265/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:3259789/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:1659575/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC < 1:3578946/71‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC < 1:3406318/71‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC < 1:3074223/71‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:271544/1‑69 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATAACGCCTGATATGATTTAACGT > 1:825970/1‑51 GCGACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018642‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > W3110S.gb/2519723‑2519791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |