| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 76 (1.810) | 31/100 | NT | 77.6% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 22 (0.520) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
CCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748738‑3748877 | tgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa > 1:3939466‑M1/62‑71 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:2173241‑M2/1‑68 (MQ=255) catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat > 1:1150497‑M1/53‑63 (MQ=255) tttGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:1176129‑M2/70‑12 (MQ=255) tttGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:649535‑M2/70‑12 (MQ=255) ggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg > 1:3348316‑M1/48‑65 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAGCCGGAATGAAGCAtt < 1:758375‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:1035068‑M1/29‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:183452‑M2/1‑26 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat < 1:2895870‑M2/48‑24 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat < 1:2751357‑M2/48‑24 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:3744508‑M1/17‑71 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:1987605‑M1/17‑71 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:1457723‑M1/17‑71 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:1977620‑M1/53‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:2611266‑M1/53‑1 (MQ=255) gttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:3086826‑M1/16‑70 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:2761898‑M2/71‑48 (MQ=255) 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tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgatgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 1:567781‑M2/70‑51 (MQ=255) gtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:2875629‑M1/35‑1 (MQ=255) gtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:3976333‑M1/35‑1 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc > 1:785369‑M1/9‑43 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcca > 1:370551‑M2/1‑16 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCa < 1:128532‑M1/37‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAg < 1:871291‑M1/38‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaa < 1:243906‑M1/67‑1 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaa < 1:1582750‑M1/68‑1 (MQ=255) cCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg > 1:1975292‑M1/2‑45 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAAt < 1:753258/42‑1 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:3841147/1‑45 (MQ=255) 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acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCa > 1:1940117/1‑71 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCa > 1:1608850/1‑71 (MQ=255) cAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:305304‑M2/1‑2 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:901108‑M2/1‑1 (MQ=255) aataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt < 1:3016553/38‑1 (MQ=255) | CCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748738‑3748877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |