Missing coverage evidence...
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ATGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAC  >  minE/1378620‑1378690                                                                       | acgCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2015698/69‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2894980/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2303396/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:252096/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2547234/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2635322/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2688365/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2730154/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2752875/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2887400/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1009441/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:323086/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:333795/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:490896/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:510103/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:519499/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:579773/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:720455/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:810924/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:927020/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1683811/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1215888/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1363074/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1467454/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1480949/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1509484/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1547569/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1005859/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1619366/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1627251/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:173469/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1808896/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1914422/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:1921723/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2152502/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2198031/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2220176/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:2301151/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATAGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:941161/71‑1 (MQ=255)    cTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:486644/68‑1 (MQ=255)                               tCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAc  <  1:23076/41‑1 (MQ=255)                                                                       | ATGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAAC  >  minE/1378620‑1378690

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑