Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2543987	2544012	26	26 [0]	[0] 54	rfaL	O‑antigen ligase

GCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCATA  >  minE/2544013‑2544083 |                                                                       gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:537231/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:325155/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:115797/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:419968/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:422854/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:42697/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:443439/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:448724/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:450209/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:476515/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:503987/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:507309/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:528542/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:388540/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:545032/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:545152/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:580650/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:581316/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:604846/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:61793/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:633104/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:649224/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:82661/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:93791/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:97513/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:196375/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:122123/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:126582/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:13547/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:142670/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:152958/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:154432/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:172238/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:172397/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:18129/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:319813/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:221229/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:234262/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:28132/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:275018/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:270499/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:263168/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:256416/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:250880/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:250218/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:247367/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:244847/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:22520/1‑71 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCat   >  1:439907/1‑70 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCat   >  1:553418/1‑70 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCat   >  1:181058/1‑70 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCat   >  1:70915/1‑70 (MQ=255) gctCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGAGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCata  >  1:658666/1‑71 (MQ=255) gctACTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCat   >  1:167463/1‑70 (MQ=255) |                                                                       GCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATTAATATACATTGCATA  >  minE/2544013‑2544083

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑