Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1317628	1317668	41	94 [0]	[0] 121	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

AAGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAT  >  minE/1317557‑1317627                                                                       | aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:326907/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:569739/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:524203/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:50099/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:466262/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:415790/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:397693/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:372372/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:369760/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:360213/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:335603/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:335258/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:592833/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:316190/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:289827/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:289641/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:289271/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:282333/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:274602/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:24557/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:221990/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1009307/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:201050/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:835284/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:994674/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:970467/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:959495/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:94168/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:935422/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:92434/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:912677/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:89441/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:885045/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:876745/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:858118/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:217446/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:827889/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:817924/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:805715/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:746209/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:734233/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:705658/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:705610/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:668688/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:619463/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:606930/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1167595/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1282123/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1281425/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1271025/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1238146/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1214993/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1213642/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1205113/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1201299/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1182175/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1176244/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1175933/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1307909/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1162687/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1143895/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1135657/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1134437/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1077300/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1040746/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1039168/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1027392/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1026123/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1024888/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1011760/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1465394/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1557015/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1522391/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1519395/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1501344/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1498133/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1484390/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1481571/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1480281/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1480228/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1472401/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:17398/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:145238/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1432602/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:143079/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:140012/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1333307/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1325438/71‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1311547/71‑1 (MQ=255) aaGGAGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:306862/71‑1 (MQ=255)  aGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1387231/70‑1 (MQ=255)              ccTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:1313497/58‑1 (MQ=255)                    cTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:432774/52‑1 (MQ=255)                                aaCCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAt  <  1:479139/40‑1 (MQ=255)                                                                       | AAGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAACCGAAAAGATTACTTCGCGTTGTAATTGCGTAGAGCAT  >  minE/1317557‑1317627

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑