Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1317740	1317745	6	132 [0]	[7] 8	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

CGGTAAGCATGAATATCAAGATCATCAACTTTTAAGCTTTCGATATCCAGCAGGTTTTGACGA  >  minE/1317744‑1317806   |                                                             cGGTAAGCATGAATATCAAGATCATCAACTTTTAAGCTTTCGATATCCAGCAGGTTTTGACGa  <  1:1063957/63‑1 (MQ=255) cGGTAAGCATGAATATCAAGATCATCAACTTTTAAGCTTTCGATATCCAGCAGGTTTTGACGa  <  1:1459898/63‑1 (MQ=255) cGGTAAGCATGAATATCAAGATCATCAACTTTTAAGCTTTCGATATCCAGCAGGTTTTGACGa  <  1:1463440/63‑1 (MQ=255) cGGTAAGCATGAATATCAAGATCATCAACTTTTAAGCTTTCGATATCCAGCAGGTTTTGACGa  <  1:191741/63‑1 (MQ=255) cGGTAAGCATGAATATCAAGATCATCAACTTTTAAGCTTTCGATATCCAGCAGGTTTTGACGa  <  1:274482/63‑1 (MQ=255) cGGTAAGCATGAATATCAAGATCATCAACTTTTAAGCTTTCGATATCCAGCAGGTTTTGACGa  <  1:562329/63‑1 (MQ=255) cGGTAAGCATGAATATCAAGATCATCAACTTTTAAGCTTTCGATATCCAGCAGGTTTTGACGa  <  1:700491/63‑1 (MQ=255)   gTAAGCATGAATATCAAGATCATCAACTTTTAAGGTTTCGATATCCAGCAGGTTTTGACGa  <  1:1424955/61‑1 (MQ=255)   |                                                             CGGTAAGCATGAATATCAAGATCATCAACTTTTAAGCTTTCGATATCCAGCAGGTTTTGACGA  >  minE/1317744‑1317806

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑