New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? minE = 188661473 (1.170)35 (0.680)
+AAGACAAAT		 5/82 NT 29.1% coding (2076/2757 nt) barA hybrid sensory histidine kinase, in two‑component regulatory system with UvrY
?minE = 2149918 136 (2.170)coding (87/849 nt) folP 7,8‑dihydropteroate synthase

GGAAGATATGGTGCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  minE/1886599‑1886614
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGATGGTGGCACGCATAAC  <  minE/2149918‑2149900
                |||||||||                   
tGAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATAg   >  1:3605135/2‑42
tGAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATAg   >  1:3239722/2‑42
tGAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATAg   >  1:2668358/2‑42
tGAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATAg   >  1:2630455/2‑42
tGAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATAg   >  1:2586069/2‑42
tGAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATAg   >  1:1007433/2‑42
tGAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATAg   >  1:1194410/2‑42
tGAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCA          >  1:2788431/2‑36
 GAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATA    >  1:1880693/1‑41
 GAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATA    >  1:3957927/1‑41
 GAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATA    >  1:3735985/1‑41
 GAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATA    >  1:2187714/1‑41
 GAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATA    >  1:3252061/1‑41
 GAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCA      <  1:1943251/39‑1
 GAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCA      <  1:2333203/39‑1
 GAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCA          <  1:2242213/35‑1
 GAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCA          <  1:2820464/35‑1
 GAAGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCA          <  1:2805630/35‑1
   AGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATA    >  1:1356281/1‑39
   AGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATA    >  1:1293438/1‑39
   AGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATA    >  1:3980214/1‑39
   AGATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCAT     >  1:354070/1‑38
    GATATGGTGCAAAAGACAAATTGATGGTGGCATGCA      <  1:3364532/36‑1
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGGAGGCATA    >  1:1681657/1‑38
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATAgt  >  1:2916567/1‑38
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATA    >  1:105439/1‑38
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCATA    >  1:3192585/1‑38
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCA      >  1:3159041/1‑36
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCA      <  1:2969002/36‑1
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCA      <  1:2303886/36‑1
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCA      <  1:2183026/36‑1
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCA      <  1:1912492/36‑1
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCA      <  1:1766222/36‑1
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCA      <  1:426633/36‑1
    GATATGGTGCAAAAGACAAATGGATGGTGGCAGGCA      <  1:791583/36‑1
                |||||||||                   
GGAAGATATGGTGCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  minE/1886599‑1886614
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGATGGTGGCACGCATAAC  <  minE/2149918‑2149900

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.