Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2543998	2544002	5	10 [0]	[0] 45	rfaL	O‑antigen ligase

TGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATT  >  minE/2544003‑2544068 |                                                                  tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGaaa                           >  1:620145/1‑41 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:704315/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:36224/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:38705/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:396745/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:422093/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:469843/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:534779/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:567473/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:609241/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:658033/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:325721/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:758347/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:763838/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:770575/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:783845/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:80119/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:801679/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:822824/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:831421/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:914810/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:938909/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1619105/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1197061/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1199135/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1344430/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1368205/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1386118/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1399828/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:15432/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1557994/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1585232/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1121771/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1778707/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1849255/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1874771/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1894186/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:2068788/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:2100480/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:2126394/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:2131974/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:252206/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:255454/1‑66 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAt   >  1:796270/1‑65 (MQ=255) tgAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCAGTCATTTTCATGAATGCTAtt  >  1:1586741/1‑66 (MQ=255) |                                                                  TGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTATT  >  minE/2544003‑2544068

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑