| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 60 (1.260) | 478 (10.060) | 90/102 | NT | 89.7% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 50 (1.050) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 599 total aligned reads displayed.
ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/713886‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809398‑2809467 ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:814184/1‑71ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:1619707/1‑71ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:1589938/1‑71ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:2029392/1‑71ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:600496/1‑71 TCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGGAGGTTTGCGGAACTATCTAACGG > 1:358292/1‑71 TCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGG > 1:2902912/1‑71 GAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCT > 1:3409466/1‑71 GAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCT > 1:1417586/1‑71 GAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGG < 1:758708/69‑1 GAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGG < 1:2490026/69‑1 ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTG > 1:2867461/1‑70 CATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT < 1:2629045/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCTGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:1004745/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGGATTGATTGAGAAGGTTTGAGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:3458421/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:207848/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:649198/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:22419/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:1053400/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:1231350/71‑1 CATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:3541929/1‑71 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA < 1:3020632/70‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGG > 1:3774377/1‑60 TGCAGTCGATGCAATT‑CCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:1754239/70‑1 CAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:3626014/1‑56 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:2838254/71‑1 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:874812/71‑1 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:3137759/71‑1 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:3842409/71‑1 CGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA > 1:516244/1‑71 ATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATA > 1:4235167/1‑71 TGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:4202427/66‑1 GCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACC > 1:4411387/1‑71 CAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:1161373/60‑1 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:623262/71‑1 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:3689351/71‑1 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCC > 1:3102432/1‑70 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAC > 1:4389764/1‑45 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:901109/1‑71 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:2132866/63‑1 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:2388967/56‑1 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA < 1:3945299/55‑1 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA < 1:3209631/55‑1 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:4157574/53‑1 TCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:1356166/1‑50 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG > 1:663988/1‑71 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA > 1:2888550/1‑67 CGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA < 1:2408120/71‑1 GGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGT > 1:1540567/1‑71 GGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG < 1:1773922/66‑1 GAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTT > 1:1077179/1‑71 GAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:2523064/60‑1 GAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:281554/44‑1 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG < 1:947636/71‑1 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG > 1:4433521/1‑71 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG > 1:193799/1‑71 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTC > 1:2049879/1‑70 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:2460023/51‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:3880757/45‑1 TGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT > 1:2183182/1‑71 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTAC > 1:4296862/1‑71 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:488872/1‑70 TGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACG > 1:2698587/1‑71 AGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGC < 1:3071223/70‑1 AGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:4056126/1‑36 GAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCC < 1:402501/71‑1 GAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:2945473/49‑1 AAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTT > 1:215770/1‑64 AGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:718699/1‑64 AGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:129120/1‑64 GGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATT < 1:843938/71‑1 GTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATT > 1:2364121/1‑70 TTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCA > 1:2580292/1‑67 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAA > 1:3034693/1‑71 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAA > 1:1514553/1‑71 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAA > 1:3737155/1‑71 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAA > 1:2287766/1‑71 TGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAA > 1:1664845/1‑70 TGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA < 1:435895/48‑1 CGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAGAA < 1:1854535/71‑1 CGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACA < 1:991049/70‑1 CGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACA < 1:1995269/70‑1 CGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACA < 1:4083201/70‑1 AACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAA > 1:1720645/1‑69 AACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAA > 1:1909080/1‑69 AACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA < 1:3266568/43‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG < 1:3345313/40‑1 ATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATTCTA > 1:561320/1‑70 ATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTA > 1:2776408/1‑70 ATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAA > 1:3650496/1‑65 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAA < 1:2736316/70‑1 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAA > 1:3973034/1‑70 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAA < 1:1469261/70‑1 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAA > 1:1125672/1‑70 CTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAA > 1:3180301/1‑62 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCA > 1:2974924/1‑53 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:3301293/1‑47 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATA > 1:4323357/1‑38 TAACGGCTCAAATTAATGAGGTCATCCCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAA > 1:4114354/1‑70 AACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA > 1:1812756/1‑35 ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/713886‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809398‑2809467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |