| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 60 (1.260) | 478 (10.060) | 90/102 | NT | 89.7% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 50 (1.050) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 698 total aligned reads displayed.
TGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGTGA > W3110S.gb/713884‑714023 | tGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa < 1:594524/71‑1 (MQ=255)tGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:1648890/1‑71 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:228166/1‑69 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:3371501‑M1/1‑69 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:1750752‑M1/1‑69 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:473977‑M1/1‑69 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:2921665‑M1/1‑69 (MQ=255) tCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCTGAACTATCTAAcgg > 1:1509830‑M1/1‑68 (MQ=255) tCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcgg > 1:2962731‑M1/1‑68 (MQ=255) aaCACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGtt < 1:251249/71‑1 (MQ=255) aaCACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGtt < 1:3794237/71‑1 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATGTAAcggctg > 1:1458809‑M1/1‑64 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:1945723‑M1/71‑8 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCTGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:1004745‑M1/71‑12 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:3995501‑M1/71‑12 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:4137493‑M1/71‑12 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:2380181‑M1/71‑12 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:1053400‑M1/71‑12 (MQ=255) tcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatta < 1:1613936‑M1/71‑13 (MQ=255) tcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatta < 1:122032‑M1/71‑13 (MQ=255) tcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGt < 1:917597/64‑1 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat < 1:890799‑M1/71‑15 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:2607527‑M1/1‑57 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa < 1:539892‑M1/70‑14 (MQ=255) gTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt < 1:3137759‑M1/71‑20 (MQ=255) gTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt < 1:3842409‑M1/71‑20 (MQ=255) gTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaa < 1:2787450‑M1/60‑9 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt > 1:2029698‑M1/1‑51 (MQ=255) cGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:2396930‑M1/1‑50 (MQ=255) cGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:2436388‑M1/1‑50 (MQ=255) gATTCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctg > 1:2643471‑M1/1‑49 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:1335834‑M1/1‑49 (MQ=255) tGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaaggacaaag > 1:2821947/1‑70 (MQ=255) gCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcata > 1:4307247‑M1/1‑46 (MQ=255) cAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacc > 1:4179025‑M1/1‑45 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:3654078‑M1/71‑28 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccc > 1:3102432‑M1/1‑44 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgagctcataccca < 1:257525‑M1/71‑28 (MQ=255) aTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:647885‑M1/54‑12 (MQ=255) ttCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAgggctgaaattaatgaggtcatacccaaa < 1:234309‑M1/71‑30 (MQ=255) ttCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat < 1:3067108‑M1/56‑15 (MQ=255) ttCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa < 1:3945299‑M1/55‑14 (MQ=255) ttCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa < 1:3209631‑M1/55‑14 (MQ=255) tCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAaggctgaaattaatgaggtcatacccaaat > 1:508241‑M1/1‑41 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:663988‑M1/1‑40 (MQ=255) ccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCa < 1:3444745/70‑1 (MQ=255) cggcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga < 1:825477‑M1/71‑34 (MQ=255) cggcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGc < 1:3237316/62‑1 (MQ=255) gcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga > 1:3745455‑M1/1‑36 (MQ=255) ggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagt > 1:1540567‑M1/1‑34 (MQ=255) ggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgg < 1:1773922‑M1/66‑33 (MQ=255) gAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagtt > 1:1719756‑M1/1‑33 (MQ=255) gAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagtt < 1:3699250‑M1/71‑39 (MQ=255) gAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagtt > 1:1077179‑M1/1‑33 (MQ=255) aaTTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgg > 1:4403154‑M1/1‑32 (MQ=255) aaTTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:4413462‑M1/43‑12 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg < 1:621956‑M1/71‑41 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg < 1:1999427‑M1/71‑41 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg < 1:4028794‑M1/71‑41 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgg < 1:32800‑M1/62‑33 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:388286‑M1/41‑12 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATc > 1:223637/1‑71 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt > 1:3006549‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:4248217‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:2709632‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:1587279‑M1/70‑43 (MQ=255) ttgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:762013‑M1/53‑28 (MQ=255) gagaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa > 1:2898462‑M1/1‑24 (MQ=255) gagaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:4099059‑M1/1‑24 (MQ=255) gagaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:3031875‑M1/1‑24 (MQ=255) gagaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgag > 1:3628532‑M1/1‑24 (MQ=255) gTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgccc < 1:2114216‑M1/67‑50 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:4212807‑M1/1‑16 (MQ=255) tGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:2877653‑M1/1‑15 (MQ=255) tGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcat > 1:853958‑M1/1‑15 (MQ=255) cGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaagaa < 1:1854535‑M1/71‑59 (MQ=255) cGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaaca < 1:127435‑M1/70‑58 (MQ=255) cGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaaca < 1:2157416‑M1/70‑58 (MQ=255) ggAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCcaca < 1:3546375/50‑1 (MQ=255) gAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa < 1:4061263‑M1/40‑30 (MQ=255) aaCTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaat > 1:2490198‑M1/1‑10 (MQ=255) aaCTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaa > 1:1909080‑M1/1‑10 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgct < 1:4339666‑M1/71‑64 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgc > 1:97559‑M1/1‑8 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgc > 1:1376366‑M1/1‑8 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaat > 1:2054523‑M1/1‑8 (MQ=255) tATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCacaa > 1:1162262/1‑68 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaat > 1:3322053‑M1/1‑6 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaa > 1:1125672‑M1/1‑5 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatag > 1:2840907‑M1/1‑5 (MQ=255) tCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCacaa > 1:4374278/1‑66 (MQ=255) cTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaa > 1:3180301‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGt > 1:724531/1‑71 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaat > 1:2069445‑M1/1‑3 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaa > 1:3602706‑M1/1‑3 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattga < 1:2177692‑M1/57‑55 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:2747949‑M1/1‑3 (MQ=255) aacggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaatt > 1:3497097‑M1/1‑2 (MQ=255) aacggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga > 1:1812756‑M1/1‑2 (MQ=255) aaaCGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGtga < 1:246187/70‑1 (MQ=255) | TGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGTGA > W3110S.gb/713884‑714023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |