| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 3 (0.060) | 62 (1.300) | 43/102 | NT | 95.4% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
AGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAC > W3110S.gb/3748730‑3748869 | gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:2423821‑M1/1‑1 (MQ=255)gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:2057947‑M1/70‑71 (MQ=255)gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:2261412‑M1/70‑71 (MQ=255) ggTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCt > 1:1262995/1‑70 (MQ=255) catgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaataa < 1:1787974‑M1/7‑1 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaataa > 1:1712079/1‑69 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:3252010‑M2/1‑68 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat < 1:2988615‑M1/11‑1 (MQ=255) aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:3774690‑M2/70‑4 (MQ=255) aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:602849‑M2/70‑4 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga < 1:2349553‑M2/71‑6 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtg > 1:2614540‑M2/1‑66 (MQ=255) tAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAg < 1:1396431‑M2/66‑2 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCg < 1:4059193‑M1/17‑1 (MQ=255) aaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgc < 1:1194186‑M2/71‑9 (MQ=255) tCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctg < 1:420624‑M2/71‑11 (MQ=255) cTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:505792‑M2/71‑12 (MQ=255) cTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:718527‑M2/71‑12 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:1781900‑M1/20‑1 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGa > 1:955534‑M1/47‑69 (MQ=255) cattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat > 1:4159986‑M1/46‑56 (MQ=255) cattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat > 1:1418800‑M1/46‑56 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCt > 1:3330892/1‑45 (MQ=255) tatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:4108634‑M1/29‑1 (MQ=255) ggTGTTAAAACTTGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttact < 1:2675611‑M2/70‑21 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaata < 1:1508706‑M1/12‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:683095‑M1/29‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:200198‑M1/41‑65 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTg > 1:1843964‑M1/41‑70 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga > 1:3284362‑M2/1‑49 (MQ=255) tgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCta < 1:2729271/42‑1 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCt < 1:3510356/39‑1 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:881673‑M2/70‑25 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:2673667‑M2/70‑25 (MQ=255) tAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:3580066‑M2/69‑25 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:2408130‑M1/35‑1 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc > 1:2476678‑M1/37‑71 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:3154831‑M1/35‑1 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta > 1:764430‑M2/1‑44 (MQ=255) aaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:2815625‑M2/1‑43 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaata < 1:4308065‑M1/6‑1 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaat < 1:1645806‑M1/5‑1 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaat < 1:220505‑M1/5‑1 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:1615690‑M1/33‑64 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:3685752‑M1/33‑64 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTg > 1:1656939‑M1/31‑60 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc < 1:3109318‑M1/40‑1 (MQ=255) aaacactataaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:3968289‑M1/31‑70 (MQ=255) aacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:1089586‑M1/10‑1 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:4223139‑M2/1‑37 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg > 1:2767136‑M2/1‑35 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa < 1:2508810‑M1/13‑1 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag > 1:2588190‑M2/1‑34 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:3412509‑M1/34‑1 (MQ=255) aCGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt > 1:3178192‑M2/1‑31 (MQ=255) caataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:1924982‑M1/34‑1 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt > 1:501938‑M2/1‑29 (MQ=255) ggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgt > 1:87575‑M2/1‑28 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt > 1:2282106‑M1/19‑39 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg > 1:1286500‑M1/19‑67 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:4255510‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:3841681‑M1/19‑71 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:2889043‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:3764283‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:1999518‑M2/1‑27 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:3859239‑M2/1‑26 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:636032‑M2/1‑25 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1147994‑M2/1‑25 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:2091316‑M2/69‑45 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:1331739‑M2/69‑45 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:2216666‑M1/29‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg > 1:3699777‑M1/17‑65 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:3488188‑M1/17‑70 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:1878127‑M1/17‑70 (MQ=255) gttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCaa < 1:578926‑M1/42‑1 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:1487155‑M2/1‑23 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:2942479‑M2/71‑50 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:4027523‑M2/1‑22 (MQ=255) tggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGa < 1:4276343‑M1/23‑1 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 1:487873‑M2/71‑51 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 1:3934682‑M2/71‑51 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt < 1:2692776‑M2/58‑39 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt < 1:818271‑M2/58‑39 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta < 1:1014650‑M2/46‑27 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta < 1:1234222‑M2/46‑27 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta < 1:2137678‑M2/46‑27 (MQ=255) gagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAc > 1:1431642‑M1/12‑71 (MQ=255) aaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:908428‑M2/1‑18 (MQ=255) aaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:3427308‑M2/1‑18 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:3732216‑M1/9‑40 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCa > 1:1568309‑M1/9‑67 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:3867147‑M2/1‑17 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCaa < 1:211027‑M1/42‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:180755‑M1/62‑1 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt < 1:2740287‑M2/71‑58 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag > 1:1271946‑M2/1‑14 (MQ=255) gCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtg < 1:1740112‑M2/71‑59 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:256836‑M2/52‑44 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:4120797‑M2/52‑44 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAc > 1:175905/1‑71 (MQ=255) | AGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAC > W3110S.gb/3748730‑3748869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |