| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 3 (0.060) | 62 (1.300) | 43/102 | NT | 95.4% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
CACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC > W3110S.gb/4056152‑4056285 | cACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg > 1:3778440/1‑71 (MQ=255) cTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:87982/71‑1 (MQ=255) cTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:815190/71‑1 (MQ=255) tAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt > 1:601417/1‑70 (MQ=255) aaaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg > 1:40526/1‑67 (MQ=255) aaaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:3633624/1‑71 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:1042442/71‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:2310950/71‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt > 1:4419863/1‑71 (MQ=255) cGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa < 1:1499295/71‑1 (MQ=255) cGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:2783948/1‑71 (MQ=255) aCTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTc > 1:1306504/1‑71 (MQ=255) cTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTcc < 1:891624/71‑1 (MQ=255) aaTATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:1742582/62‑1 (MQ=255) aaTATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAAc > 1:4082162/1‑71 (MQ=255) aaTATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAAc > 1:340848/1‑71 (MQ=255) aaTATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAAc > 1:1880759/1‑71 (MQ=255) tatatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:2304191/60‑1 (MQ=255) tatatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTAATTTTAATGTCGGTAATGACTCCaa > 1:2403475/1‑68 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTa < 1:4149065/70‑1 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAt > 1:2545868/1‑71 (MQ=255) atTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa < 1:3144627/59‑1 (MQ=255) atTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:1061849/1‑59 (MQ=255) atTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt > 1:3753218/1‑71 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt > 1:1383622/1‑70 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt < 1:3644097/70‑1 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt < 1:2794671/70‑1 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt > 1:127180/1‑70 (MQ=255) ttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTg > 1:2911578/1‑69 (MQ=255) ttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:2065541/1‑70 (MQ=255) cTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAg > 1:257904/1‑71 (MQ=255) tgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtgt > 1:2753900/1‑71 (MQ=255) tgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtgt < 1:1271087/71‑1 (MQ=255) ccAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTa > 1:1965745/1‑59 (MQ=255) cAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt < 1:2112811/71‑1 (MQ=255) cAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt < 1:2198881/71‑1 (MQ=255) aaTATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACtt > 1:4248937/1‑56 (MQ=255) atatTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:3909904/41‑1 (MQ=255) atatTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:2648748/44‑1 (MQ=255) atatTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:3511668/1‑46 (MQ=255) atatTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:2683805/1‑46 (MQ=255) atatTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:4345801/1‑46 (MQ=255) atatTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:1680096/1‑60 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa < 1:1423418/42‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:2543516/43‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt < 1:1367662/57‑1 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCaa > 1:2785102/1‑49 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCaa > 1:1670845/1‑49 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAg > 1:643109/1‑60 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAg > 1:1570153/1‑60 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt < 1:591271/71‑1 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGt < 1:3599206/70‑1 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGt > 1:3622088/1‑70 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATa > 1:3303921/1‑57 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa > 1:3404453/1‑65 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:2376414/1‑69 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:2229366/1‑69 (MQ=255) ctctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa < 1:1079715/63‑1 (MQ=255) tctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATg > 1:4125722/1‑64 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAg < 1:1509007/67‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:871551/69‑1 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGCCTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATg > 1:3260078/1‑71 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTTCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:3480/67‑1 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa < 1:4127732/69‑1 (MQ=255) tttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt < 1:2374641/56‑1 (MQ=255) tttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt < 1:781376/56‑1 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:3217701/1‑45 (MQ=255) cAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc < 1:3796633/70‑1 (MQ=255) aaaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCg < 1:2002804/70‑1 (MQ=255) aaaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCg < 1:1672109/70‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATg < 1:305260/54‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt < 1:3842902/71‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt < 1:185184/71‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt < 1:2372536/71‑1 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt > 1:1241120/1‑70 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATg < 1:3442922/71‑1 (MQ=255) aaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGa > 1:533892/1‑71 (MQ=255) gTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACtt < 1:289182/71‑1 (MQ=255) ttACTTTTAATGTCGGTAATGACTACAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACttt < 1:3530910/71‑1 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATg > 1:1196994/1‑46 (MQ=255) ttttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc < 1:641793/58‑1 (MQ=255) ttttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCa > 1:2714279/1‑71 (MQ=39) tttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGttt < 1:610602/39‑1 (MQ=255) tttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAt > 1:1298633/1‑71 (MQ=38) tttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAt > 1:2115566/1‑71 (MQ=38) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa > 1:4363800/1‑51 (MQ=38) tAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg < 1:2402724/70‑1 (MQ=35) tAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTAATg < 1:1779947/70‑1 (MQ=25) aaTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 1:4015763/1‑69 (MQ=33) aaTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGc < 1:1900021/70‑1 (MQ=33) | CACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC > W3110S.gb/4056152‑4056285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |